По отзывам современников, ансамбль Югской Дорофеевой пустыни напоминал, скорее, дворцовый комплекс, нежели монашескую обитель. Над протяженным фасадом, обрамленным фигурными башнями, возвышался Троицкий собор в стиле екатерининского барокко (1793-1810).
Место расположения монастыря у слияния рек Белая Юга и Черная Юга было на редкость живописным. Пейзаж оживляли монастырский сад и «романтический» мост из 3-х сводчатых арок
Югская пустынь, хотя и не отличалась глубокой древностью, успела оставить яркий след в русской истории. Она была основана в 1615 году схимонахом Псково-Печерского монастыря Дорофеем.
В годы Смутного времени он, облаченный в тяжкие вериги, неусыпно возносил молитвы Господу во спасение Руси. И вдруг в один из дней просияла ему дивным светом икона Богородицы. И услышал он глас Божией Матери, велевшей ему отправиться в родные края – земли Рыбинские и Мологские.
После долгих странствий Дорофей достиг окрестностей Рыбны в месте слияния Юги Белой и Черной - в трех верстах от Волги. И тут образ Богородицы вновь воссиял дивным светом, указав подвижнику место, назначенное свыше для молитвенного служения. Дорофей, внемля знаку сему, обустроил на берегу уединенную келью. А затем соорудил часовню, куда бережно поместил икону.
Вскоре прославился он многими благими деяниями: исцелял окрестных жителей от болезней и недугов, дарил страждущим духовное утешение.
После смерти Дорофея в 1622 г. пришли сюда иные благоверные насельники, продолжившие его труды праведные. С благословения Патриарха Филарета и при участии царя Михаила Фёдоровича здесь был основан монастырь. Главной его святыней стала принесенная Дорофеем икона Божией Матери, именованная Югской.
В 1654 году Богородица Югская особенно прославилась избавлением Рыбной слободы от моровой язвы. После крестного хода с чудотворным образом смертельная эпидемия внезапно прекратилась. Чудо повторилось в 1771 г., когда пагубное поветрие вновь отступило от города.
С тех пор дважды в год от Рыбинска до Югской пустыни совершались крестные ходы. Сотни богомольцев с образами и хоругвями одолевали путь длиной в 18 верст. Шли паломники и из Мологи, расположенной в 15-ти верстах отсюда. В монастырь поступали богатые вклады и пожертвования прихожан.
Начиная с конца XVIII века здесь продолжалось непрерывное строительство – вслед за собором и келейными корпусами ансамбль пополнился многоярусной колокольней. Весь комплекс по цоколю был выложен гранитными блоками.
Чудотворная икона Божией Матери Югской была помещена в серебряный ковчег, усыпанный драгоценными камнями. Все 5 монастырских храмов украшали золоченные иконостасы и паникадила, стены их покрывали росписи на библейские сюжеты.
При обители действовали больница и амбулатория с бесплатной раздачей лекарств. В год их посещали до 6 тысяч человек. Была открыта церковно-приходская школа с ремесленным отделением. За стенами монастыря находились 3 гостиницы для паломников, а также хозяйственные службы: амбары, конный двор, кузница, баня. Для бесперебойной подачи воды была устроена плотина.
Тяжкие испытания постигли Югскую Дорофееву пустынь в ранние годы Советской власти. В 1920 г. хозяйственные постройки и земельные угодья отошли в собственность совхоза «Юга». В братских корпусах была размещена детская трудовая колония.
В 1921 году началось изъятие церковных ценностей. В «фонд помощи голодающим» из монастыря поступило: 1,5 фунта золота, 4,5 пудов серебра, 30 штук драгоценных камней.
Часть предметов, имеющих историческую и культурную ценность: икон, древних энколпионов, ладанок и складней XIII – XVIII вв. была передана в Рыбинской музей. Однако чудотворная икона Богоматери Югской бесследно исчезла, и ныне образ её сохраняется лишь в списках.
В середине 1930-х гг. в Югской Дорофеевой пустыни разместилась опорная база «Волгостроя». По первоначальному плану монастырь не входил в зону затопления. Но для увеличения мощности ГЭС подпорный уровень решено было повысить, что стало приговором для исторической святыни. Перед наполнением котлована Рыбинского водохранилища все строения были взорваны.
Сегодня их руины находятся на дне мелководного залива близ небольшого острова Плешивец. Наряду с г. Мологой и усадьбой графов Мусиных-Пушкиных «Иловна» монастырь вошел в перечень невосполнимых утрат отечественной культуры.
В память о Югской Дорофеевой пустыни на берегу водохранилища недавно установлен поклонный крест. В дни поминовения здесь совершаются молебны в присутствии сотен паломников