История Башкирского государственного университета начинается 1 июля 1909 года, когда согласно Циркуляру министерства народного просвещения Российской империи по Оренбургскому учебному округу был открыт Уфимский учительский институт. Директором первого высшего учебного заведения региона стал действительный статский советник А. Н. Лисовский.
В советское время институт рос и расширялся: в 1919 году он был преобразован в Институт народного образования, в 1929 году — в Башкирский государственный педагогический институт имени К. А. Тимирязева.
В августе 1934 года институт перешел на факультетский принцип организации. Было создано пять факультетов: физико-математический, географический , исторический , а также факультет естествознания и факультет языка и литературы. Выпускники последнего (М. Карим, А. Вали, К. Даян, Г. Амири) стали известными башкирскими писателями и поэтами.
В первые месяцы после начала Великой Отечественной войны в Уфу были эвакуированы научно-исследовательские институты и вузы из Москвы, Ленинграда, Харькова, Киева, Днепропетровска и других городов западной части страны. Часть сотрудников и преподавателей стала работать в БГПИ им. К. А. Тимирязева, усилив научный потенциал института.
В годы войны страна нуждалась в военных переводчиках, и в 1941 году трехгодичный учительский институт иностранных языков стал факультетом иностранных языков. За годы Великой Отечественной войны БГПИ им. К. А. Тимирязева подготовил 580 педагогов по математике, физике, химии, зоологии, истории, русскому, башкирскому, французскому, немецкому и английскому языкам. После войны здесь учились фронтовики, в их числе пять Героев Советского Союза: М. И. Абдуллин, Д. С. Сергеев, Ж. Г. Сунагатуллин, С. А. Михляев, Т. Б. Гилязетдинов.