Режиссер взялся за экранизацию романов писателей, чьи произведения обрели репутацию «неэкранизируемых».
В 1979 году вышел культовый фильм одного из самых интеллектуальных режиссеров советского периода Андрея Тарковского. За «Солярис», «Зеркало» и «Андрей Рублев» Тарковский уже получил международные кино награды и мировое признание. Однако у себя на родине в Советском Союзе режиссер встречал существенные препятствия за свободомыслие и нежелание следовать писаным правилам чиновников. Со «Сталкером» он поступил так же.
История создания «Сталкера» берет свое начало в 1973 году, когда режиссер впервые прочитал недавно вышедшую повесть братьев Стругацких. Тогда Тарковский только задумался о том, чтобы когда-нибудь снять фильм по «Пикнику на обочине». Однако сам он долгое время не хотел приступать к работе над картиной, поскольку изначально сценарий предназначался для другого режиссера — Тито Калатозишвили.
Тарковский несколько раз встречался с авторами повести пока ему не удалось убедить их в экранизации лишь четвертой части — той, где главный герой отправляется к Золотому Шару, Машине Желаний. Именно таким и было рабочее название сценария — «Машина желаний». К февралю 1975 года была готова первая версия сценария для подачи заявки на «Мосфильм», но проект решили придержать из-за просьбы режиссера, чтобы Тарковский наконец уладил прокатную историю другого своего киношедевра — «Зеркала».
Взаимоотношения Андрея Тарковского с прокатчиками были сложными. Те не любили неуступчивого режиссера, а потому со всеми его проектами были проблемы на бюрократическом уровне, что объясняет, почему было так мало прокатных копий его фильмов. Плановые показы «Зеркала» по всему Советскому союзу вновь отодвигают задумку режиссера на неопределенный срок.
После триумфальных гастролей по Грузии и Эстонии, где он был необыкновенно тепло принят, Тарковский встретился с известным отборщиком Каннского кинофестиваля Бесси, который пребывал под сильным впечатлением от «Зеркала» и предложил режиссеру послать картину на фестиваль, уверив того, что фильм обязательно получит приз. Однако эта идея встретила в очередной раз сопротивление. Так, «Зеркало» никуда не пустили, оставив Андрея Тарковского без заслуженной премии. Понимая, что «Сталкеру» уготована та же участь, режиссер решается сделать перерыв и уезжает из Москвы в деревню.
Режиссер вновь увиделся c Аркадием Стругацким сразу после возвращения писателя из Кисловодска. Тарковский, наконец, принял окончательное решение — режиссёром и художественным руководителем фильма будет он сам. Сценарий дорабатывать решили «на троих», поровну поделив гонорар. Кстати, несмотря на всеобщее признание, Тарковский все равно имел трудности с деньгами и большинство своих гонораров ему приходилось отдавать за скопившиеся долги. Параллельно Тарковский пытается осуществить свой первый полноценный театральный проект в Ленкоме — шекспировский «Гамлет». К середине весны его «Зеркало» все же вышел на экраны, правда, только в нескольких кинотеатрах, да и то на периферии всего на пару дней, после чего сняли с проката.
В очередной раз отвлекшись на постановку в Ленкоме, а потом уехав на полгода в деревню, Тарковский вновь возвращается к «Сталкеру» только в феврале 1976 года. Он написал письмо в ЦК КПСС о своем отчаянном положении и своем противостоянии с Госкино. И это сработало — ему наконец дали добро на производство фильма.
Для натурных съемок Тарковский выбрал пригород Исфары в Таджикистане, однако этим планам не суждено было осуществиться: в республике произошло землетрясение и пришлось искать новое место съемок. После долгих поисков в апреле 1977 года Георгий Рерберг (первый оператор фильма) нашёл новую натуру в Таллине и в районе старой разрушенной электростанции вблизи города. Там же остались памятные таблички и другие упоминания о съемках. Индустриальные пейзажи с дымящимися трубами снимали в спальных районах Москвы и Ленинграда. Для режиссера и многих членов съемочной группы этот фильм стал роковым — дело в том, что тяжелые условия съемок сильно подорвали их здоровье.
Съемки фильма проходили сложно — в 1977 году закончились деньги, и Тарковский попросил дополнительное финансирование у Госкино и, что удивительно, получил его. Тарковский столкнулся еще с одной неприятной неожиданностью, которая могла перечеркнуть все планы — целиком отснятая дорогостоящая пленка Kodak после окончания съемок была уничтожена по неосторожности персонала. Однако Тарковского этот факт мало смутил, поскольку его не устраивал отснятый материал. Перерасходовав лишних 300 000 рублей, переписав сценарий девять раз, Тарковский наконец заканчивает съемки фильма в декабре 1978 году.