Сюжет манги «Токийский гуль» разворачивается в альтернативной реальности, где мирные люди вынуждены постоянно бороться с гулями - монстрами, питающимися человеческой плотью и обладающими особой силой. Ситуация усложняется тем, что отличить этих чудищ от простых смертных почти невозможно.
Главным героем манги «Токийский гуль» является скромный и ничем не отличающийся от своих сверстников парень по имени Кен Канеки. Он учится в университете и как истинный студент проводит свое время за учебниками и конспектами. Однако жизнь юноши кардинальным образом меняется, когда он встречает девушку Ридзе.
Она гуль, однако Кен пока не догадывается об этом. На одном из свиданий девчонка наконец-то показывает ему свою истинную сущность. Она заманивает студента в темное местечко и начинает медленно убивать. Канеки мысленно уже попрощался со своей жизнью, но ему несказанно повезло. В самый разгар «веселья» на парочку падает металлоконструкция.
Кен, очнувшись в больнице, понимает, что ему все-таки посчастливилось выжить. Врачи сообщают парню: чтобы спасти его жизнь, им пришлось пересадить студенту некоторые органы погибшей девушки, которая была вместе с ним в момент трагедии. А это значит, что теперь Канеки перестал быть обычным человеком. Он стал гулем!
Правда, только наполовину. Но от этого молодому человеку не легче. Кен понимает, что он больше никогда не станет прежним беззаботным студентом, думающим только об экзаменах, автомобилях и девчонках. Кроме того, чтобы выжить, новоиспеченному гулю придется выслеживать и убивать людей. А заниматься этим он совершенно не хочет.
Однако от своей новой сущности никуда не денешься. Юноша понимает, что ему придется, хочет он этого или нет, знакомиться с порядками и законами мира гулей, так как он теперь является одним из них. От этого всего парень понемногу начинает сходить с ума. Кен голоден и не знает, что делать дальше, а в его сознание то и дело вторгается мертвая Ридзе, от органов которой студент ну никак не может избавиться.
Постепенно Канеки привыкает к своему новому образу жизни и даже находит хороших товарищей. Оказывается, существует некая группа гулей, которые стараются максимально мирно существовать с людьми. Именно они становятся друзьями Кена и помогают ему адаптироваться в новом мире.
Кроме того, ребята учат Канеки убегать и прятаться от специального полицейского отряда, который был создан, чтобы ловить и уничтожать гулей. Новоиспеченному монстру Кену предстоит пережить не одно приключение и научиться выживать в любых условиях.