В 1805 году, во время создания архитектором Федором Соколовым всего комплекса старообрядческих монастырей рядом с селом Преображенским, на территории кладбища была возведена часовня Николая Чудотворца в стиле «русской готики».
Стройная, богато декорированная, с резьбой по белому камню хоть и не воплощала внешне идеи Святой Руси дораскольной, но стала органической частью старопоморского религиозного центра в селе Преображенском под Москвой. Рядом с Никольской часовней располагается часовня с древним чудотворным крестом и могила основателя кладбища и монастыря Ильи Алексеевича Ковылина.
Саму Часовну Николая Чудотворца её ещё называют Часовней о девяти крестах, выполнена в так называемом стиле русской готики и кажется весьма нарядной. Фасад украшен различными фрагментами из белого камня. Есть версия, что примером для оформления часовни послужил Царицынский дворец, расположенный в Подмосковье. Сверху на куполе и по периметру здания установлено девять восьмиконечных крестов. Арочные окна гармонично вписались в архитектуру часовни. Говорят, что ранее на них располагались миниатюрные распятия, которые к нашему времени были потеряны.
С момента постройки и вплоть до 1917 г. часовня принадлежала Федосеевцам.
В советские времена Никольскую часовню постигла незавидная участь. Уже после закрытия обителей в 1940 году ее передали московской общине Филипповцев, потому что в то время у близкой к Федосеевцам старообрядческой общине в столице не было своих часовен. К концу 80-х годов община Филипповцев сильно поредела, и часовня стояла фактически бесхозной.
Два раза часовня подвергалась разграблению – оттуда вынесли все старинные иконы. В 1990 году ключи от здания были переданы представителям государственной власти.
В 2000 году, когда началась реставрация, часовня находилась в плачевном состоянии: иконостаса не было, пол разбит, печка не действовала, многие элементы уникального белокаменного декора потеряны, на стенах лежала вековая грязь и копоть.
Шесть долгих лет трудились члены общины над восстановлением святыни. Для проведения работ была нанята и специализированная реставрационная организация. Часовня прошла капитальный ремонт и восстановлена в полном согласии с первоначальным проектом. Недостающие белокаменные элементы вытесаны заново, реконструирована и выложена оригинальными изразцами печка, а к печному отоплению добавилось электрическое. Как и двести лет назад при реставрации использовались только натуральные природные материалы.
12 ноября 2006 года Московские старопоморцы-федосеевцы провели первый торжественный молебен в Никольской часовне и освятили ее. На освящение пришло и несколько десятков Филиповцев.
