На месте современного Топкапы раньше было много чего. До христианства здесь располагался акрополь Византия. В IV веке на месте древнего храма Афродиты возвели первую христианскую базилику Константинополя — церковь Святой Ирины, она была главным храмом столицы до Святой Софии. После османского вторжения церковь превратили в склад оружия, который стал частью будущего Топкапы.
В 1453 году турки завоевали Константинополь, и османский султан Мехмед II поселился во дворце, который построили специально для него в районе современной площади Баязид. Но гарем этого дворца располагался рядом с будущим Топкапы.
В 1475 году началось строительство Топкапы. В переводе с турецкого topkapi означает «пушечные ворота». И это не просто так: когда султан покидал резиденцию или возвращался в неё, производился пушечный выстрел.
Мехмед II стал основателем и архитектором этого проекта. Сначала в новом дворце султаны лишь работали, гарем по-прежнему располагался вне дворцового комплекса. Но в XVI веке жена Сулеймана I захотела быть ближе к своему возлюбленному султану и добилась переноса гарема в Топкапы. Дворцу потребовалась грандиозная перестройка.
В 1854 году султан Абдул-Меджид I начал править из резиденции в европейском стиле — дворца Долмабахче. В 1922 году первый президент Турции Мустафа Кемаль Ататюрк ликвидировал султанат, в 1923 году провозгласил республику. Вместе с этими реформами османские дворцы, в том числе Топкапы, утратили своё первоначальное значение и были объявлены музеями.
