В начале 1990-х годов зять и духовный наследник 6-го Любавического ребе Менахем Шнеерсон потребовал вернуть собрание Шнеерсона хасидам, поскольку до национализации эти книги и рукописи были личной собственностью Иосифа Ицхака Шнеерсона.
Дело слушалось в Государственном арбитраже РСФСР 8 октября 1991 года. Госарбитраж обязал Государственную библиотеку СССР имени В. И. Ленина вернуть коллекцию хасидам.
Однако Библиотека решению Госарбитража РСФСР не подчинилась, ссылаясь на то, что все её архивы являются достоянием народа.
Дело о библиотеке Шнеерсона попало в Высший арбитражный суд РСФСР, который 18 ноября 1991 подтвердил решение Госарбитража РСФСР и постановил передать коллекцию Шнеерсона в Еврейскую национальную библиотеку, которая была создана специально для приёма и хранения собрания. Заведующий отделом рукописей Государственной библиотеки СССР имени В. И. Ленина В. Я. Дерягин отказался выполнить решение Высшего арбитражного суда РСФСР и спрятал коллекцию Шнеерсона в хранилищах библиотеки. Он также угрожал совершить самосожжение вместе с собранием Шнеерсона. При этих обстоятельствах 14 февраля 1992 состоялся пленум пленум Высшего арбитражного суда РСФСР, который отменил все предыдущие судебные решения, и коллекция Шнеерсона осталась в Государственной библиотеке СССР имени В. И. Ленина.
В 1995 году при проверке выяснилось, что некоторые рукописи пропали. Предполагалось, что это манускрипты, спрятанные Дерягиным, который к этому моменту уже умер. В конце 1996 года, по данным СМИ, рукописи были обнаружены на черном рынке в Израиле. В 2005 движение Хабад обратилось с письмом к президенту России В,В, Путину с просьбой оказать помощь в деле передачи собрания Шнеерсона из Российской государственной библиотеки.
В 2013 году около 4500 книг из Библиотеки Шнеерсона были переданы Еврейскому музею и центру толерантности, где был специально оборудован отдел, имеющий условия для содержания старых книг. Все книги, переданные музею были отсканированы и выложены в Интернет на сайте РГБ. При этом, де-юре книги остались в собственности РГБ, а Еврейский музей выступает в качестве филиала РГБ.
В 2014 году Арбитражный суд Москвы удовлетворил иск Минкульт РФ и Российской государственной библиотеки США и Библиотека Конгресса и обязал их вернуть в Россию семь книг из собрания Шнеерсона, переданных в 1994 году во временное пользование. Суд по ходатайству истцов также присудил компенсацию на случай неисполнения судебного акта в размере 50 тысяч долларов за каждый день неисполнения решения.
В 2019 году Тверской суд Москвы принял заочное решение об аресте директора библиотеки Агудас Хасидей Хабад Шолома Дов-Бер Левина по обвинению по ст. 190 УК РФ (невозвращение на территорию РФ культурных ценностей) в связи с невозвратом вышеуказанных семи книг.