Городской голова Винницы А. А. Савостьянов уведомлял немцев о наличии захоронений жерт массовых расстрелов 1923 и 1937—1938 гг., однако немцы проявили интерес к информации только в 1943 г., после крупных поражений, чтобы обеспечить пропагандистский эффект.
Весной 1943 года немецкой администрацией была создана комиссия по расследованию массовых расстрелов в Виннице. Действия комиссии широко освещалось как во внутренней прессе, так и в радиотрансляциях на остальной мир. Были сняты документальные фильмы и выпущены книги с материалами работы комиссии. Винницкие материалы были выпущены в 1944 году в Берлине под названием «Amtliches Material zum Massenmord von Winniza».
«Винницкая комиссия» не занималась расстрелянными в Винницкой тюрьме в 1941 году.
Эксгумация трупов в Виннице, 1943 г.
В июне 1943 года в Виннице была создана «Международная комиссия по расследованию злодеяний большевистского режима». Комиссию, кроме Германии, представляли врачи, юристы, священнослужители и журналисты из Бельгии, Болгарии, Финляндии, Франции, Италии, Хорватии, Голландии, Румынии, Швеции, Словакии, Венгрии, Греции, Дании. Возглавлял раскопки назначенный Министерством Пропаганды профессор Шрадер.
Раскопки в саду на Подлесной улице были начаты в конце мая (было найдено 102 тела), а уже 4, 5 и 7 июня «украинская» комиссия провела медицинскую экспертизу трупов, которая определила дату смерти как 3-5 лет назад (1938-40 годы) и что все были убиты выстрелами в затылок из пистолета.
C конца мая по 16 июня было найдено 509 трупов (из них один женский и один труп мужчины 20-22 лет — остальные мужчины в возрасте 40-50 лет и старше). Из них осмотрено 171
12 июня 1943 года на похоронах местный православный епископ Евлогий (Марковский) произнёс такие слова: «Сегодня мы вознесли свои молитвы к престолу Всевышнего за тех, кто при разлуке с жизнью был лишён молитвы Божьей, кто терпел муки и брошен в страшные могилы. Эти жертвы были убиты тайным способом. Палачи думали, что их злодеяния останутся навеки тайной. Эти мученики лежат безмолвно здесь в могиле своими телами, но у них есть бессмертная душа. Память о них будет жить в сердцах наших всегда».
18 июня в Берлин уходит сообщение от представителя Рейхскомиссариата «Украина» фон Зауккена, в котором указывалось, что «ожидаемое число трупов — 8-10 тысяч».
В последних числах июня (29 и 30) были начаты раскопки на Православном кладбище и в Парке Культуры. Уже 15 июля был подписан протокол «Международной комиссии специалистов судебной медицины», в котором указывалось, что на Подлесной улице было найдено 37 могил с 5644 трупами, на Православном кладбище — 42 могилы с 2405 трупами и 24 могилы с 1390 трупами в Парке Культуры. Тот же источник указывает на то, что раскопки проходили до 3 октября 1943 года. В большей части могил трупы были размещены хаотично, а сверху на них была брошена одежда.
Согласно публикациям в газете «Вінницьки Вісті» 1943 года, весь период эксгумации проходило перезахоронение жертв — до 1 августа 1943 года было перезахоронено 2744 тела, остальные — по информации того же источника — до 3 октября 1943, причем в последние 10 дней было похоронено 2420 тел. Из 9439 тел, по информации немецких источников, было идентифицировано 679 лиц, из них 20 женщин.