В середине XVII века в Россию пришла чума. Эта эпидемия стала одной из крупнейших за всю историю страны. Вскоре мор достиг и Вологды. Болезнь свирепствовала в городе и округе около семи недель, после чего жители решили за ночь построить церковь и умилостивить разгневанного на них бога.
Масштабы бедствия поражали, люди умирали каждый день, священники просто не успевали их хоронить. Тогда было решено построить обетную церковь.
Вообще обычай возводить по обету храмы, построенные за один день, для избавления города или страны от бедствий, очень древний. Считается, что первая такая церковь появилась еще во времена князя Владимира в 996 году. Спасаясь от преследовавших его печенегов, великий князь скрылся под мостом и пообещал возвести храм, если бог спасет его от опасности.
Обычно причиной для возведения обыденных (построенных за один день) церквей были мор и моровые поветрия. Их строили во время эпидемий и в Новгороде, и в Пскове, и в Москве. Строились они на разный срок: год, 25 и 40 лет, иногда стояли и более полутора веков.
Жители Вологды, следуя давнему обычаю, решили за день возвести храм, чтобы избавить себя от напасти и остановить мор. Строить обещали день и ночь без устали. Жители получили на это благословение архиепископа вологодского Маркела и ночью 18 (28) октября 1654 года взялись за работу. В постройке храма приняло участие множество людей. Уже к утру церковь была готова и ее тут же осветили, а вечером состоялась первая литургия.
Как отметил местный летописец, после возведения храма мор в городе прекратился. Жители города составили «общественный приговор», по которому обещали, что они и их потомки будут хранить эту церковь вечно. Храм получил название Спаса Всемилостивого и был построен в честь св. Луки. До революции день возведения храма отмечался в городе как большой праздник и назывался «Лукин день». Спустя 4 дня после постройки церкви местный иконописец в благодарность за избавление города от мора написал «обыденно» икону Всемилостивого Спаса, которая и стала главной святыней храма и всей Вологды.
Однако деревянная наскоро сооруженная церковь быстро ветшала и не могла вместить всех желающих богомольцев. В 1688 году было решено соорудить прямо над ней каменный собор. Строительство продолжалось 10 лет и все это время служба в деревянной церкви, вокруг которой шла работа, ни на день не прекращалась. В 1718 году храм был расписан, а его фрески, помимо библейских сюжетов, содержали изображение избавления города от чумы.
Спасо-Всеградский собор стал главным храмом города. После становления советской власти его было решено ликвидировать. Против такого решения выступали не только горожане, но и реставраторы и художники, понимающие культурную и историческую ценность храма. Однако уже в 1925 году службы в церкви были прекращены, а в здании разместился кинотеатр им. Горького. В 1935-м власти решили снести кинотеатр, но по каким-то причинам этого не случилось. Окончательно собор снесли только в 1972 году. Взрывчатка его не брала, поэтому для сноса использовались танки. А список с «обыденной» иконы был передан в краеведческий музей.