Дело не в секретном самолёте МИГ -25, а системе опознавания "свой-чужой". В СССР надо было создавать новую систему на других принципах работы и потом переоснащать всю авиацию и систему ПВО. Таких как Беленко надо доставать даже в США и применять "высшую меру социально защиты".
МИГ-25 на то время тоже был очень секретным его и летчики не все видели.
МиГ-25 были определенные инновации, хотя электроника была устаревшей по западным меркам. Плюс НАТО узнало о его боевых возможностях, дальности РЛС, рабочих частотах и как можно противодействовать.
Никаких новых систем опознавания свой-чужой на иных принципах работы создавать не нужно, и их не создавали. Как действовала до 1995 года система Кремний-2, введенная в эксплуатацию в 1971 году, так и продолжала находится в эксплуатации после бегства Беленко. Система опознавания - это по сути радиообмен между комплексами радиосигналами с определенным кодом на определенной частоте.
Система посылает кодированный строго определенным образом радиосигнал и получает ответ от своего тоже кодированным радиосигналом. если ответа не нет, значит чужой со всеми вытекающими. Все происходит в автоматическом режиме. После угона МиГ-25 супостаты получили доступ именно к кодам и радиочастотам работы комплекса. Поэтому достаточно было перекодировать систему опознавания и, возможно (тут я не уверен), сменить радиочастоту, что и было сделано. Конечно это тоже затратная и хлопотная штука, но гораздо проще, нежели замена всего оборудования.