* Этот фильм в значительной степени подразумевает, что антивирус, который Айзекс планировал выпустить, чтобы очистить мир от Т-вируса для повторного заселения, не был новым изобретением. Это ставит под вопрос, почему Красная королева никогда не упоминала о его существовании в предыдущих фильмах, если на то пошло. Кроме того, почему Амбрелла разработала только один флакон, если они планировали очистить с его помощью весь мир? Как объясняет Элис в финале, антивирус распространяется ветром, поэтому могут потребоваться годы, чтобы он достиг каждого уголка земли.
* Настоящий доктор Александр Айзекс немедленно размораживается к тому времени, когда Элис и группа добираются до улья, но он каким-то образом знает, что Элис существует, несмотря на то, что подразумевается, что он был заморожен задолго до событий фильма, чтобы переждать апокалипсис.
* Айзекс рассказывает, что его план состоял в том, чтобы намеренно начать вспышку Т-вируса, чтобы покончить с миром, чтобы он и остальная часть Амбреллы могли восстановить его по своему образу и подобию, оставив при этом нетронутыми мировые инфраструктуры. Это прямо противоречит событиям «Вымирания», где Алиса объясняет во вступительном слове, что Т-вирус эффективно убивает землю, высушивая водоемы и леса и превращая континенты в бесплодные пустоши.
* Клер Редфилд ругает Элис за то, что она так легко доверяет Красной Королеве, когда та рассказывает ей о воздушно-капельном антивирусе. Но возникает вопрос, откуда Клер вообще знает, кто такая Красная Королева? До этого фильма они никогда не встречались друг с другом, и Элис никогда не упоминала о ней при Клер.
* Чтобы отогнать нежить, Алиса и ее друзья привязывают вражеского солдата к задней части автомобиля и запускают его. Зомби начинают преследовать приманку, но никто не нападает на 4 или 5 человек, которые послали эту самую приманку.
* Элис взорвала бомбу в нескольких дюймах от флакона с антивирусом, который находится в кармане пальто Айзекса, что крайне неосторожно, так как это могло легко уничтожить его и все, что она пыталась защитить.
* Заявление Элис о том, что американское правительство направило ядерную ракету для уничтожения Раккун-Сити, в вступительном резюме прямо противоречит событиям второго Филиппа. Там очень ясно показано, что именно Амбрелла направила ядерный удар на Раккун-Сити, пытаясь замести следы и сдержать вспышку.
* Элис объясняет, что причина, по которой она все время знала, что Док был кротом, и заранее тайно забрала у него боеприпасы, заключалась в том, что он был еще жив, когда они наконец добрались до Улья. Это игнорирует тот факт, что зомби и зараженные Т-вирусом существа нападают на людей без разбора, независимо от того, на чьей они стороне, как показано в предыдущих фильмах. То, что Док все еще жив к тому времени, когда они добираются до Айзекса и Вескера, - это совпадение.
* Красная Королева смогла убить Альберта Вескера после того, как Алисия уволила его, заявив, что Красная Королева не смогла бы убить сотрудников Амбреллы, но в первом фильме Красная Королева пошла на убийство и убила всех сотрудников Улья. В пятом фильме Красная королева даже пыталась убить Аду Вонг и Элис.