Предыстория
После событий первой части игры прошло уже около 20 лет. После того, как Нихилант был уничтожен учёным в очках и защитном костюме, по всей планете начались портальные штормы. Из-за них многие существа мира Зен попали на Землю. Вся эта ситуация привлекла внимание Совета некоего межгалактического Альянса, и спустя некоторое время его войска вторглись на Землю. Человечество не было готово к такому разрыву в военных силах, и пало спустя 7 часов после начала войны. Уоллес Брин, бывший директор Чёрной Мезы, убедил людей сдаться, получив покровительство Совета.
Теперь Альянс контролирует всю планету, за исключением небольших очагов Сопротивления. В оставшихся городах существует организация ГО (Гражданская Оборона) - это люди, по своей воле перешедшие на сторону Альянса, специально обученные навыкам боя.
Также в городах присутствует подавляющее поле - оно контролирует популяцию человечества.
Глава первая: Точка внедрения
Всё начинается с того, что таинственный G-Man пробуждает главного героя, Гордона Фримена, из стазиса и помещает его в поезд, который в это время едет в Город 17 (англ. City 17). Выйдя из вагона, герой видит большой экран на стене, на котором Уоллес Брин приветствует новоприбывших граждан. Далее Гордон проходит через контрольный пункт, и его останавливают полицейские из ГО.
Фримена проводят в допросную комнату, но тут случается чудо - полицейским оказывается старый друг Барни Калхун, который работает в ГО для прикрытия.
Он связывается с учёным по имени Айзек Кляйнер, который с радостью приветствует старого знакомого и после краткого обсуждения плана действий товарищи решают отправить Гордона в лабораторию учёного, но из-за того, что Барни в данный момент на посту, герою приходится идти одному.
На пути к лаборатории Гордона окружают силы ГО, которые хватают его, но вовремя подоспевшая молодая девушка - Аликс Вэнс. После того, как Фримен приходит в себя, Аликс проводит его до лаборатории доктора Кляйнера.
Глава вторая: Великий День
В лаборатории Гордон получает усовершенствованный костюм H.E.V пятой модели. Учёный решает переправить Аликс и Гордона через телепортатор прямо в Восточную Чёрную Мезу, главную базу сопротивления.
Стоит отметить, что Альянс яростно желает заполучить технологию телепортации Айзека Кляйнера, ибо Альянс умеет телепортироваться между вселенными, однако в пределах одной вселенной таковой возможности не имеет.
Аликс телепортируется без помех, однако из-за ручного питомца доктора Кляйнера - хедкраба по кличке Ламарр - процесс телепортации Гордона проходит крайне неудачно: он телепортируется в случайные места, в том числе в кабинет главы Земли Уоллеса Брина, который узнал его. В итоге правительство объявляет комендантский час в Городе 17 и вводит дополнительные ячейки ГО. Герой телепортируется за окно здания, в котором располагается лаборатория. Кляйнер говорит гордону поторопиться. При выходе со двора, Гордона подзывает к себе Калхун, и даёт ему монтировку, которую тот потерял в Чёрной Мезе 20 лет назад.
Глава третья: Через каналы
Пробираясь через толпы солдат Альянса, Гордон проходит через лагеря населённые беженцами, повстанцами, а также вортигонтами - разумными существами из мира Зен. Выйдя в только что уничтоженный силами Альянса лагерь Сопротивления, Гордон от последней выжившей девушки получает воздушный катер.
Глава четвёртая: Водная преграда
Гордона обнаруживают силы Альянса и посылают в бой военный вертолёт, от которого герой успешно скрывается на небольшом посте сопротивления. Пока он слушает инструктаж повстанца, вортигонт приделывает на катер импульсный пулемёт, как у того вертолёта, благодаря которому Гордон уничтожает вертолёт и попадает в Восточную Чёрную Мезу. По пути он то тут, то там замечает G-Man'а, который сразу исчезает из поля зрения.
Глава пятая: Восточная Чёрная Меза
При входе на базу, в шлюзе, Гордона встречает Джудит Моссман и проводит героя к лидеру Сопротивления - Илаю Вэнсу, отцу Аликс и бывшему учёному из Чёрной Мезы. Здесь Аликс показывает, как работает новое изобретение Илая - грави-пушка, но во время игры с домашним питомцем - роботом с кличкой Пёс, Аликс замечает в небе сканнеры. Это могло означать лишь одно - на Чёрную Мезу напал Альянс. При попытке присоединиться к бою, Гордон и Пёс отделяются от Аликс завалом в коридоре. Она просит Пса отвести Фримена в тоннель до Рейвенхольма, а затем вернуться к ней на помощь.
Глава шестая: Мы не ходим в Рейвенхольм...
Из-за действий Альянса в это маленьком шахтёрском городке все жители превратились в хедкраб-зомби. Изначально это должен был быть город, свободным от власти Альянса, но позже он был обстрелян сотнями капсулами с хедкрабами.
Избегая ловушек, Гордон встречает Отца Григория - единственного выжившего. Григорий даёт Фримену дробовик. Они вместе отправляются в заброшенную шахту, которая ведёт к шоссе Города 17. Но Григорий остаётся для того, чтобы задержать зомби, поскольку "пастух должен оставаться со своим стадом". Пройдя через шахту, Гордон выходит на поверхность и попадает под обстрел снайперов. Разобравшись с ними он встречает отряд Сопротивления и помогает им отбиться от солдат "Сверхчеловеческого" подразделения Альянса.
Глава седьмая: Шоссе 17
После того, как Гордон помог повстанцам отбить нападение солдат Альянса, с главой базы сопротивления связывается Аликс и сообщает, что Илая Вэнса взяли в плен и держат в тюрьме Нова Проспект. Повстанцы предоставляют Фримену автомобиль-багги. Пробираясь через блокпосты и засады Альянса, Гордону приходится отбиваться от особенно агрессивных насекомых - муравьиных львов. В итоге Фримен добирается до маяка, который находится под контролем Сопротивления и паркует багги в гараж. Повстанцы с минуты на минуту ожидают нападения солдат Альянса. Гордон помогает отбиться от нападения нескольких отрядов противника и опасного Штурмовика.
По пути к Нова проспект Гордон сталкивается с стражем муравьиных львов - Мирмидонтом. После тяжёлой битвы из лагеря сопротивления выходит вортигонт и помогает извлечь из стража фероподы - железы, позволяющий контролировать муравьиных львов.
Глава восьмая: Песчаные ловушки
Фримен при помощи муравьиных львов штурмует укрепления солдат Альянса на подступах к Нова-Проспект. Уничтожив большое количество солдат и несколько Штурмовиков, Фримен попадает в Нова-Проспект
Глава девятая: Нова Проспект
Гордон проходит через старую часть тюрьмы и уничтожает всех солдат на пути с целью найти лидера Сопротивления. Фримен приходит в депо в Нова-Проспект и встречает Аликс.
Глава десятая: Запутанность
После встречи они находят Илая, который был помещён в специальную капсулу для транспортировки пленников, и Аликс отправляет его в зал с телепортом. Затем они расчищают себе путь туда же и параллельно ищут Джудит Моссман, так как оказалось, что её захватили вместе с Илаем.
Однако, в какой-то момент Фримен и Аликс находят Джудит во время её разговора с Уоллесом Брином - выясняется, что она сотрудничает с Альянсом и именно из-за неё Альянс атаковал Восточную Чёрную Мезу.
Джудит удаётся телепортировать себя и Илая в Цитадель. Пока телепорт снова заряжается, на Гордона и Аликс нападают большие силы Альянса, и во время телепортации героев в лабораторию Кляйнера портал ломается.
Глава одиннадцатая: Нарушитель номер один
Когда Гордон и Аликс прибывают в лабораторию, и доктор Кляйнер говорит, что они при телепортации застряли во времени на неделю. Далее герои узнают, что Сопротивление начало полномасштабное Восстание, сигналом к которому послужило разрушение в результате взрыва телепорта Нова-Проспект. В результате Город 17 превратился в огромное поле боя. Фримен вместе с псом отправляются на помощь повстанцам, в то время как Аликс помогает Кляйнеру выбраться из города.
После помощи доктору, Аликс возвращается к Гордону. Однако во время разведки на крыше её захватывают солдаты и доставляют в Цитадель.
Глава двенадцатая: "За Фрименом!"
Гордон находит Барни, которого прижали снайперским огнём на крыше разрушенного здания. Фримен помогает ему, и вместе они ведут бой с целью проникновения в Нексус Патруля - штаб-квартиру сил Альянса, в которой следят за проведением военных операций в пределах города.
Итогом смертельной битвы становится разрушение Нексуса и дальнейшее продвижение Сопротивления. Гордон, совместно с повстанцами, пробивается к основанию Цитадели, по пути уничтожив около 7 страйдеров - тяжелобронированных боевых синтетов.
Глава тринадцатая: Наши покровители
После бойни Гордон встречает Пса и Барни. Робот пробивает дыру в оградительной стене, которая окружает Цитадель и таким образом Фримен попадает на территорию Цитадели - главного здания на всей Земле.
Оказавшись в цитадели, герой попадает в тупик, и ему не остаётся ничего, кроме как сесть в транспортировочную капсулу. Система безопасности отправляет гордона в поле конфискации, которое уничтожает всё оружие Гордона, однако с грави-пушкой произошло нечто странное - она не только не уничтожилась, но и стала в разы мощнее и теперь с помощью неё можно манипулировать органической материей. При помощи усиленной грави-пушки Гордон расчищает путь на верхние этажи Цитадели, пока снова не попадает в тупик. Тут он снова садится в капсулу, которая отправляет его прямиком в кабинет Уоллеса Брина.
Глава четырнадцатая: Тёмная энергия
У Гордона отбирают грави-пушку. К нему подходит Джудит Моссман и просит его не сопротивляться. На месте Брин пытается убедить Илая встать на его сторону, однако ему не удаётся этого сделать, затем он показывает Аликс, но Илай твёрдо стоит на своём. Далее Брин пытается переубедить Гордона, сказав, что Илай ему больше не нужен, и его следовало бы отправить в "нежилое пространство". В этот момент, Джудит окончательно встаёт на сторону Гордона, поскольку она сотрудничала с Альянсом исключительно ради того, чтобы Илай Вэнс оставался в безопасности. Она освобождает его из капсулы. Брин в панике убегает в лифт, прихватив с собой грави-пушку, и Фримен с Аликс начинают преследовать его. Оказывается, что злодей собирается телепортироваться в другой мир, к правительству Альянса. Когда Брин замечает героев, тот убегает в следующий лифт, который ведёт в капсулу телепортации в другой мир, но в спешке он бросает грави-пушку, и Гордон, пытаясь остановить его, поднимается в самый верх телепортационного устройства и ломает его. Капсула с Брином падает вниз и он погибает.
Уничтожение телепорта провоцирует взрыв реактора Цитадели. В момент взрыва время вокруг Гордона останавливается и из неоткуда появляется G-Man. Он поражён успехами Фримена, и говорит, что получил несколько интересных предложений по поводу него.
В конце G-Man сказал, что вновь пробудит Гордона, когда придёт время...
