«Превосходство Борна» снимался в Италии, России, Германии, но основная часть локаций находится в Германии, Берлине.
В кадры попал самый центр Берлина, площадка рядом со станцией «Зоологический сад» на Kantstrasse/Hardenbergstrasse: именно здесь должна была быть проведена сделка по уничтожению крота ЦРУ.
Мотель Avus, Halenseestrasse 51, Halensee, использовался в качестве отеля для встречи Кирилла и Юрия. Расположен рядом с ипподромом Avus по соседству с международным конгресс-центром, который также является локацией для фильма. Итальянская таможня ‘Stazione Marittima di Napoli’, где по сюжету фильма держат Борна, на самом деле здание Eingangsbereich Nord Messe Berlin и северный вход в Берлинский выставочный центр. Расположен на Messedamm 22. Парковка, которая по сюжету фильма должна была быть в международном аэропорту Шереметьево, на самом деле снималась на парковке, расположенной под берлинским МТП. Этот тот же комплекс, который снимался для неаполитанской таможни. Домом для ещё одного