В тюрьме Моабит Хонеккер написал в дневнике: “Коммунизм не умер, он лишь проиграл одну битву”.
5 декабря 1989 года начались следственные действия в отношении Хонеккера, обвинявшегося в государственной измене, в злоупотреблениях политической и экономической властью в интересах личного обогащения и обогащения других лиц на посту председателя Государственного совета ГДР и Национального совета обороны ГДР и генерального секретаря ЦК СЕПГ. Следствие было поручено Ведомству по национальной безопасности ГДР, которое разработало план мероприятий в следственном процессе против Эриха Хонеккера. Затем дело Хонеккера вёл отдел по экономическим преступлениям генеральной прокуратуры ГДР. Во время обыска в доме Хонеккера у него была конфискована ценная коллекция служебного и охотничьего оружия, его личный банковский счёт на 218 тыс. марок ГДР был заблокирован (присвоение 75 миллионов марок оказалось мифом). Хонеккер назначил своими представителями Вольфганга Фогеля и Фридриха Вольффа. Народная палата ГДР приняла решение о переоборудовании лесного посёлка в Вандлице, где проживало руководство ГДР, в санаторий. О срочном выселении из дома в Вандлице Хонеккерам было сообщено 22 декабря 1989 года, и уже 3 января 1990 года они покинули свой дом.
После нового обследования врачебной комиссией 6 января 1990 года Хонеккер узнал из сообщения в новостной программе телевидения ГДР о том, что у него "рак почки" в связи с чем он не может быть помещён под арест. 10 января 1990 года в клинике «Шарите» доктор Альхаус провёл Хонеккеру операцию по удалению раковой опухоли в почке. 29 января 1990 года Хонеккер был вновь арестован и помещён в следственный изолятор в берлинском Руммельсбурге, но уже 30 января был вновь отпущен на свободу по решению городского суда. У Хонеккеров в это время не было жилья.
Адвокат Фогель по поручению Хонеккера обратился за помощью в Евангелическую церковь. Пастор Уве Хольмер, предложил чете Хонеккеров кров в своём пасторском доме, и в тот же день Альтхаус отвёз Хонеккеров туда. Уже на следующий день помощь пастора чете Хонеккеров вызвала возмущение общественности и привела к демонстрациям, на которых отмечалось, что именно Хонеккеры ущемляли в правах христиан, не вписывавшихся в рамки, установленные режимом СЕПГ. В марте 1990 года Хонеккеры выехали в дом отдыха в Линдове, но из-за политических протестов вынужденно вернулись в дом Хольмеров уже на следующий день. Позднее Хонеккеры перебрались в советский военный госпиталь . В ходе следующего обследования для определения состояния здоровья Хонеккера с целью установления возможности его нахождения в тюрьме врачи обнаружили у Хонеккера злокачественную опухоль в печени. 2 октября 1990 года, накануне объединения Германии, дело Хонеккера было передано Генеральной прокуратурой ГДР в Генеральную прокуратуру ФРГ. 30 ноября 1990 года участковый суд Тиргартена выдал новый ордер на арест Эриха Хонеккера, подозревавшегося в отдаче приказов о применении огнестрельного оружия на внутри германской границе в 1961 году и утверждении приказа в 1974 году. Хонеккерa, находившегося под охраной в советском военном госпитале , не арестовали. 13 марта 1991 года супруги Хонеккеры вылетели в Москву, где Эрих Хонеккер стал «личным гостем» президента М. С. Горбачёва.
Экстрадиция в Германию
Ведомство федерального канцлера было проинформировано советскими дипломатами о предстоящем выезде Хонеккеров в Москву. Официально Федеральное правительство ограничилось протестом, ссылаясь на наличие ордера на арест и, соответственно, на нарушение Советским Союзом суверенитета ФРГ и норм международного права. На этот момент времени Договор об окончательном урегулировании в отношении Германии, закреплявший полный суверенитет Германии, ещё не был ратифицирован Верховным Советом СССР. Договор официально вступил в силу только 15 марта 1991 года после того, как он вместе с ратификационной грамотой был получен министром иностранных дел ФРГ. С этого момента давление на Москву по делу Хонеккера усилилось.
Отношения между Горбачёвым и Хонеккером ухудшались уже в течение нескольких предшествующих лет. СССР, как и другие страны Восточного блока, находился в процессе распада. Августовский путч ослабил позиции Горбачёва. Президент РСФСР Б. Н. Ельцин запретил КПСС, генеральным секретарём которой являлся М. С. Горбачёв (25 декабря 1991 Горбачёв ушёл в отставку с поста президента СССР) и в декабре правительство РСФСР потребовало от Хонеккера в трёхдневный срок покинуть страну, пригрозив экстрадицией.
11 декабря 1991 Хонеккеры укрылись в посольстве Чили в Москве. По воспоминаниям Маргот Хонеккер, убежище Хонеккерам также были готовы предоставить Северная Корея и Сирия, но Чили вызывала больше доверия: после военного путча 1973 года ГДР приютила у себя многих чилийцев, в том числе посла Клодомиро Альмейду, а дочь Хонеккеров Соня была замужем за чилийцем. В это время у власти в Чили находилась левобуржуазная коалиция, федеральное правительство ФРГ заявило, что если Россия и Чили хотят претендовать на звание правовых государств, то Хонеккер, в соответствии с ордером на арест, должен быть выдан в ФРГ.
Ультразвуковое обследование Хонеккера в феврале 1992 показало очаговое поражение печени с метастазами. Данные этого обследования опровергла КТ, проведённая спустя три недели, в связи с чем распространились слухи о симулянтстве Хонеккера. Министр юстиции России спустя три дня заявил для немецкого телевидения, что Хонеккер будет выдан в Германию сразу после того, как покинет посольство Чили. 7 марта 1992 года стало известно о том, что правительство Чили скорректировало свою позицию по делу Хонеккера, посол Альмейда был вызван для консультаций в Сантьяго, где были возмущены его попытками манипулирования информацией о смертельной болезни Хонеккера для того, чтобы добиться для него разрешения на въезд в Чили; Альмейда был снят с должности.
18 марта 1992 группа врачей из российского парламента провела акцию протеста и заявила о фальсификации результатов обследования Хонеккера в марте, но в глазах общественности для пожилого онкологического больного Хонеккер неплохо выглядел.
В июне 1992 президент Чили Патрисио Эйлвин заверил федерального канцлера Гельмута Коля в том, что Хонеккер покинет посольство Чили в Москве. Российская сторона также не видела оснований для отмены своего решения о возвращении Хонеккера в Германию, принятого в декабре 1991 года.
29 июля 1992 года Эрих Хонеккер вылетел в Берлин, где в аэропорту Тегель был арестован и препровождён в тюрьму Моабит.