История Башкирского ДНК-проекта началась сравнительно недавно. Первые исследования по этногеномике Y-DNA башкир провели Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской Академии наук.
В 2009 году экспедициями, организованными отделом геномики ИБГ УНЦ РАН во главе с Э.К.Хуснутдиновой по изучению генома башкир, были исследованы башкиры Стерлибашевского, Абзелиловского, Баймакского, Бурзянского, Абзелиловского районов Республики Башкортостан, а также башкиры Пермской, Саратовской, Оренбургской и Самарской областей. Выборка составила 471 человек, результаты экспедиций были отражены в кандидатской диссертации по биологическим наукам у А.С.Лобова18. Согласно этим исследованиям Y-DNA пул башкир составил: R1b=48%, R1a=27%, N1=17%, J=3%. Остальные гаплогруппы не набрали и 1%[1].
В 2011 году коллективом ИБГ УНЦ РАН были опубликованы исследования по этногеномике башкир, где выборка уже составила 586 человек[2].
Позже публикациями по Y-DNA башкир были отмечены работы Б.Б.Юнусбаева, И.А.Кутуева[3], Ж.М.Сабитова[4] и других.
К 2007 г. появились исследования по геному башкир Y-DNA, выполненные коммерческими ДНК-генеалогическими компаниями, где первым башкирским ДНК-проектом стал проект Б. Гусманова Bashkortostan на FTDNA. Б. Гусмановым для подветви башкир из гаплогруппы G2a был впервые сделан 67-маркерный тест и заказано детальное снипование в FTDNA.
Заметный вклад по исследованию генома башкир Y-DNA внесли А.А. Каримов и Р.Р. Кидрасов. А.А. Каримовым был протестирован первый 111 маркерный тест в FTDNA среди башкир и оплачено на Y-DNA более 20 башкирских ДНК-наборов.
К 2011 г., А.А. Каримовым, Х.М. Ахметовым, А.Х. Ахметовым была подробно исследована усуньская подветвь башкир[5], была установлена принадлежность этой подветви к потомкам населения андроновской археологической кульуры[6], её близости к производным от неё — кыргызской и литовско-татарской подветвей. Из усуньской подветви башкир также был выделен род байковичей, или род потомков Майкы-бия[7]. Результатами исследований А.А. Каримова стало создание дополнительного проекта в FTDNA под названием Bashkortostan clans.
