2005 год стал для нас временем формирования и становления организации BSAA, члены которой призваны бороться против мирового биотерроризма.
Среди участников группы героев оказывается Крис Рэдфилд и новичок Джессика Шерават, которые отправились на совместную операцию. Цель миссии - выяснение подробностей возвращения к активной фазе группировки El Veltro, которая была ответственна за разрушение инновационного города будущего "Серая земля".
Мегаполис был построен на искусственном острове, расположенном где-то в Средиземном море. Террористы не только распылили над городом смертельный токсин, но и наводнили улицы хантерами - кошмарными тварями, уничтожавшими все и всех на своем пути. Агенты FBC и BSAA попытались отбить атаку, но потерпели провал, после чего руководство FBC пришлось сжечь "Серую землю" до основания с помощью спутникового оружия Чертог Солнца.
Как бы там ни было, Крис и Джессика должны были установить место нахождения штаба El Veltro, но во время выполнения миссии с ними пропадает связь. Начальство BSAA решает отправить на поиски первой группы оперативников Джилл Валентайн и ее нового напарника Паркера Лучиани.
Последние пребывают на место, откуда в последний раз Рэдфилд и Шерават выходили на связь - круизный лайнер "Королева Зеновия". Само собой, на месте их ждал неприятный сюрприз в лице повального заражения местных обитателей штаммом вируса "Т-Бездна". Однако Криса на месте не оказывается, вместо него Джилл обнаруживает странный манекен, который являлся лишь приманкой.
Валентайн и Лучиани оказались заперты в комнате, через вентиляцию которой поступил усыпляющий газ. Едва сохраняя сознание, Джилл замечает, как в комнату входит неизвестный в противогазе. Незнакомец смотрит на лежащую на полу девушку и обещает, что теперь-то мисс Валентайн должна узнать всю правду о происходящем.
Некоторое время спустя Крис и Джессика выходят на связь, и они оказались далеко от "Королевы Зеновии". Лайнер, как мы уже поняли, являлся ловушкой для эвакуационной группы BSAA, тогда как ее первый отряд находился в заснеженных горах, где также расположился оперативный штаб El Veltro.
База сообщает Крису, что Джилл и Паркер перестали выходить на связь, так что Рэдфилду с напарницей нужно отправиться на Средиземноморье, а их место в горах займут другие агенты - Кейт Лумлей и Квинт Кетчем. Последним нужно будет более детально изучить базу террористов и отыскать какие-нибудь улики, которые позволят раскрыть миру факт деятельности El Veltro и прижать этих мерзавцев, наконец, к ногтю.