Любопытно, что данный роман относится к незавершённым произведениям. Уже после смерти Михаила Афанасьевича Булгакова его супруга буквально собирала произведение по частичкам из черновых записей.
Михаил Берлиоз, председатель московских литераторов МАССОЛИТа, ведёт разговор с начинающим писателем Иваном Бездомным о его новой книге, а попутно и о существовании Иисуса Христа. Проблема была в том, что Бездомный в своей поэме изобразил Христа обезображенным и очень негативным персонажем, тем самым он не опровергнул его существовании и, даже наоборот, сделал его более живым и приземлённым к простым людям. После Берлиоз начинает приводить большое количество аргументов против его существования, которые можно было бы использовать в поэме и с чистой совестью издать книгу.
Неожиданно к их разговору присоединяется очень странное существо, даже человеком его назвать было трудно. Некто походил на иностранца, но по-русски говорил отменно. Он опроверг все рассуждения приятелей и спросил, что если Бога нет, то кто же тогда управляет людьми, ведь порой они случайно смертны и потому своей жизнью управлять они не могут. Финальным сигналом для литераторов стало то, что этот “иностранец” предсказал Берлиозу, что ему отрубит голову женщина-комсомолка, потому что некая Аннушка разлила масло. Тут всё встало на свои места - сумасшедший! Бездомный и Берлиоз принимают его за шпиона или ещё чего похуже, но гражданин оказывается с документами и называет себя приезжим специалистом чёрной магии. После он всё же утверждает существование Иисуса Христа и на расспросы про доказательства начинает свой рассказ о Понтии Пилате - великом прокураторе.
На суд к нему приводят молодого человека лет двадцати семи, одет он в какие-то лохмотья и всех считает за “добрых людей”, он с большой осторожностью ведёт разговор с прокуратором, но в то же время весьма открыт и ничего не скрывает. Сам Понтий Пилат немного утратил свою хватку из-за мигрени, больше всего ему хотелось скрыться от палящего солнца. Он должен был утвердить смертный приговор синедриона, но неожиданно для самого себя, в первую очередь, проникается к этому преступнику, который якобы призывал к разрушению храма. Его звали Иешуа Га-Ноцри и он был человеком по-настоящему образованным. Он легко спасает Понтия Пилата от головной боли, потому тот призывает его отказаться от своих слов, но Иешуа будто не чувствует предстоящей опасности, потому подтверждает многие сведения из доноса Иуды. Всё вышло так, что он противостоял и посягнул на власть великого кесаря, потому Понтий Пилат не мог его помиловать, а лишь утвердить приговор, если сам хотел остаться живым на своём посту. Так он и поступил.
Правда, позже он делает ещё одну попытку спасти Иешуа при разговоре непосредственно с первосвященником Каифой. Сам Понтий понадеялся на решение народа, потому как в честь праздника можно было спасти одного из преступников, только вот освободить решили Вар-равана - бунтовщика и убийцу. Понтий Пилат не согласен с таким решением, даже предлагает забрать Иешуа к себе, чтобы он был под присмотром, но ничего не выходит. Он вынужден произнести имя иного спасённого. Разумеется, эта история не сильно впечатляет литераторов, потому как доказать её правдивость нельзя, а придумать такое мог кто угодно, но подозрительный гражданин утверждает, что видел всё своими глазами и, более того, беседовал с каждым участником рассказа.
Тут приятели окончательно убедились, что иностранец был сумасшедшим, тем более, что тот собрался жить в квартире Берлиоза. Тогда гласа МАССОЛИТа оставляет подопечного Ивану, а сам бежит сообщить об этом иностранце в соответствующие органы, ну а напоследок иностранец просит их поверить хотя бы в дьявола. А затем сбывается страшное предсказание - Берлиозу отрезало голову трамваем, за рулём была женщина - комсомолка, а всё это лишь потому, что он поскользнулся в том месте, где Аннушка разлила масло… Иван быстро сопоставляет все факты и решает, что это всё было подстроено, а этот мастер чёрной магии обязан понести ответственность, потому решает непременно догнать того гражданина. Но за него неожиданно вступается какой-то субъект в клетчатом пиджаке, а после они в компании огромного кота скрываются из виду. Поэт так и не смог догнать это очень странную компанию, но его дальнейшие действия были ещё более нелепыми - Бездомный врывается в чужую квартиру, крадёт свечу и образок, потом решает искупаться в Москве-реке, только вот все его вещи крадут и он вынужден идти дальше в одном белье и каких-то кальсонах. В таком виде он врывается в “Грибоедов” - ресторан МАССОЛИТов.
Быть членом их союза было выгодно, потому как можно было претендовать на элитное жильё и творческие отпуска, а также есть в ресторане по символическим ценам. Очередное их собрание не состоялось из-за отсутствия Берлиоза, потому все члены спустились на ужин. Тут то к ним и вторгается в непристойном виде Иван Бездомный и начинает шариться под столами в поисках таинственного консультанта, который, по его мнению, виновен в смерти Берлиоза. С трудом удаётся связать его полотенцами, теперь его направили в психиатрическую клинику. Там с ним беседует доктор и Иван безмерно рад, что хоть кто-то его слушает и вспоминает, что следует позвонить в милицию, только вот там его никто не хочет слушать, ведь звонок этот из сумасшедшего дома. Тогда Иван решается на побег, но специальное стекло выдерживает его натиск и теперь перспективный поэт был заточён в лечебнице с диагнозом - “шизофрения”. Его послание в милицию врачи предложили изложить в письменной форме и Иван соглашается, только вот при попытках написать хоть что-то он понимает, насколько же всё это нелепо звучит и принимается переписывать снова и снова.
Тем временем директор московского театра просыпается в квартире, которую он делил с Берлиозом. Квартира эта была плохая - прошлые жильцы исчезали посредством какой-то магии. Первым же делом Стёпа видит какого-то незнакомца, которому он якобы назначил встречу, чтобы обговорить его выступления. В театре также подтверждают личность некого Воланда. Откуда-то возникает ещё и свита и без того пугающего незнакомца, один из них, Азазелло, говорит, что Стёпа в квартире лишний и потому вышвыривает его из Москвы прямиком в Ялту. Никанора Ивановича Босого тем временем достают претенденты на часть квартиры Берлиоза, тогда он решает сам наведаться туда и находит эта странную компанию. С ним говорит Коровьев, который сразу же даёт крупную взятку и Босой позволяет им здесь остаться. Сразу после визита Коровьев сообщает по телефону, что их председатель жилтоварищества незаконно хранит валюту, за что его при обыске и арестовывают. Стёпа же Лиходеев пытается связаться как-то из Ялты.
В театре же великий Воланд со своей свитой дают представление чёрной магии. Всё начинается с невинных фокусов, а потом - денежный дождь и бесплатный французский магазин, всё это заканчивается тем, что дамы носятся по городу в одном лишь белье, а вся их одежда пропала, а деньги те оказались лишь мелким мусором. Ведущему же оторвали голову и тут же вернули на место. В общем, в начале веселилась публика, а потом - Воланд и его свита, тем самым они лишь разоблачили людей, которые со временем ничуть не изменились.
Бездомный в лечебнице знакомиться с Мастером и узнаёт, что тот оказался здесь тоже из-за Понтия Пилата. Он написал роман, в который и он, и таинственная “она” вложили всю душу, но роман так и не вышел, а из-за критики Мастер сошёл с ума. Своё произведение он сжёг. После нас знакомят с ещё одной библейской историей - то, что случилось после казни. Один из учеников Иешуа, Левий Матвей, снимает все три трупа, а своего учителя похищает.
Странности в Москве продолжаются - о представлении Воланда не осталось никаких доказательств, пропали даже афиши, а бухгалтер театра в комиссии вместо начальника застаёт лишь костюм, который подписывает бумаги, а в другом филиале все вдруг начали петь песни без остановки. Всё это случилось после посещения этих мест странной компанией во главе с большим котом. Потом в его портфеле случайно оказывается валюта, Ласточкина тоже арестовывают.
Теперь зрителя знакомят с Маргаритой - возлюбленной Мастера. Она начинает чувствовать, что наконец-то что-то должно произойти. Всё это время девушка не забыла своего любимого и берегла уцелевшие страницы его романа. Однажды на улице с ней заговаривает Азазелло, обещая, что она сможет увидеть любимого, если сходит на бал к одному приезжему гостю. Женщина соглашается и получает от господина крем и соответствующие инструкции. От крема Маргарита заметно похорошела, написала прощальное письмо мужу и голая полетела на метле. По пути на бал она занимается мелкими шалостями и устраивает погром в квартирах критиков, из-за которых роман так и не был издан. Позже её забирает машина в ту самую нехорошую квартиру. Там Воланд устраивает бал сатаны и просит Маргариту стать королевой. Ей приходится принимать жутких гостей, купаться в крови, стать свидетельницей убийства и даже выпить из черепа Берлиоза. Девушка всё выдерживает и ей возвращают Мастера.
Воланд заинтересован в сожжённом романе, потому рукопись появляется из ниоткуда и возвращается в Мастеру, более того, Воланд выгоняет из квартиры Мастера жильцов и они с Маргаритой возвращаются к своей тихой жизни в небольшом подвальном помещении.
Тем временем прокуратор просит похоронить все тела и понимает, что он упустил что-то очень важное. Он поручает своей свите убить Иуду из Кириафа. Для Понтия Пилата Иешуа всё ещё жив и идёт с ним по лунной дороге, вместе они проводят время за спорами и разговорами о вечном. В Москве тем временем происходят уже последние шалости - перестрелка с котом в нехорошей квартире и погром иностранного магазина, а к Воланду пришёл Левий и передал, что Иешуа просил дать Мастеру и Маргарите вечный покой, тогда Азазелло отправляется к ним и обещает всё устроить - он поджигает квартиру, а все трое умчались в небо на чёрных лошадях.
По пути Мастер прощается с Бездомным, которого считает своим учеником и велит ему дописать историю о Понтии Пилате. Оказывается, роман этот прочёл и сам Иешуа и он явно не был закончен. По пути Мастер освобождает Пилата и он наконец-то уходит по лунной дороге со своей собакой туда, где его ждёт Иешуа, после чего и сам Мастер обретает невероятную свободу.