Жизнь Человека-паука далека от идеала — ежедневно он спасает жизни жителей Нью-Йорка, в то время, как жизнь обычного Питера Паркера становится всё сложнее. Его увольняют из пиццерии, где он подрабатывал курьером, он едва не лишается работы в «Daily Bugle» из-за отсутствия снимков Человека-паука, он учится на физика и постоянно опаздывает на занятия в университете, ссорится со своей подругой Мэри Джейн Уотсон.
Она признаётся ему, что собирается выйти замуж за астронавта Джона — сына главного редактора «Daily Bugle» Джей Джоны Джеймсона. Тёте Мэй грозит выселение за неуплату налогов, а после неудачного эксперимента, спонсируемого лучшим другом Питера, Гарри Озборном, перед жителями мегаполиса появляется новая угроза — гениальный и уважаемый всеми учёный Отто Октавиус становится злодеем Доктором Осьминогом, мечтающим повторно провести свой чрезвычайно опасный эксперимент с тритием любой ценой.
Однажды Питер замечает что его супер-способности почему-то стали пропадать и он решает завязать с карьерой супергероя, выбрасывает костюм (который попадает в «Daily Bugle» к Джеймсону) и успешно возвращается в обычную жизнь: решает проблемы с учебой, налаживает отношения с Мэри Джейн, несмотря на ее готовящуюся свадьбу. Но, видя участившиеся бедствия и преступления, Питер понимает, что городу нужен Человек-Паук. Тем временем, Доктор Осьминог заключает сделку с Гарри — в обмен на Человека-паука, которому Озборн мечтает отомстить за смерть отца, он даст ему третий — элемент, необходимый для эксперимента. Гарри объясняет ему, что Паркер знаком с Человеком-пауком и искать его нужно именно через Питера. Безумец захватывает на глазах Паркера в заложники Мэри Джейн и уходит, сказав, что будет ждать Человека-паука. В порыве гнева Питер замечает, что супер-способности снова возвращаются к нему. Он крадёт свой костюм из редакции «Daily Bugle» и отправляется на встречу с Осьминогом.
В ходе драки с доктором ему приходится останавливать поезд, где он теряет сознание от перенапряжения. Пользуясь этим, Осьминог хватает его, уносит Озборну и, получив третий элемент, уходит. Сорвав с Человека-паука маску и увидев, кто под ней скрывается, Гарри приходит в ужас. Он отпускает Паркера и рассказывает о местонахождении лаборатории Осьминога. Питер отправляется туда и после продолжительной драки со злодеем раскрывает себя. Он говорит Осьминогу, что иногда от мечты нужно отказываться, ведь в результате эксперимента половина Нью-Йорка будет уничтожена. Осьминог разрушает установку и топит её в реке вместе с собой. Питер освобождает Мэри Джейн и отдаёт её в руки испуганного Джона. Гарри обнаруживает в доме секретную лабораторию отца и, узнав правду о Зелёном гоблине, начинает готовиться к мести Человеку-пауку. Мэри Джейн сбегает со свадьбы и признаётся Питеру, что любит только его.
После этого Паркер надевает костюм Человека-паука и отправляется на свою работу — борьбу с преступностью, а Мэри Джейн с грустью смотрит ему вслед из окна.