Россотрудничество считается правопреемником советского Всесоюзного общества культурной связи с заграницей (ВОКС), созданного в 1925 году. Первым руководителем была сестра Льва Троцкого Ольга Каменева. С ВОКС сотрудничали Маяковский, Эйзенштейн, Шолохов, Шостакович и Прокофьев. Благодаря ВОКС в СССР смогли приехать многие иностранные ученые, писатели и музыканты.
В 1958 году ВОКС был преобразован в Союз советских обществ дружбы и культурной связи с зарубежными странами (ССОД). Первым председателем ССОД стала советский общественный и политический деятель Нина Попова.
Распад СССР внес свои коррективы в деятельность многих организаций, в том числе и ССОД. В 1992 году ССОД был преобразован в Российскую ассоциацию международного сотрудничества (РАМС). Также было создано Российское агентство международного сотрудничества и развития (РАМСиР).
В 1994 году функции РАМСиР были переданы Российскому центру международного научного и культурного сотрудничества при Правительстве Российской Федерации (Росзарубежцентр). Позднее Росзарубежцентр вошел в систему органов государственной власти. Первым руководителем центра была назначена В.В. Терешкова.
Россотрудничество в том виде, в котором оно существует сейчас, появилось в 2008 году в связи с необходимостью создания специального федерального органа власти, который обладал бы всей полнотой полномочий в развитии российских гуманитарных связей с зарубежными странами в целом, и с государствами СНГ в частности.
Указом Президента Российской Федерации №1315 от 6 сентября 2008 года было создано Федеральное агентство по делам Содружества Независимых Государств, соотечественников, проживающих за рубежом, и по международному гуманитарному сотрудничеству (Россотрудничество).
Агентство представлено не только в республиках бывшего СССР — центры российской науки и культуры открыты в 62 государствах, а еще в 21 стране представители агентства работают в российских посольствах.
Основными задачами Россотрудничества являются реализация проектов по укреплению международных связей в гуманитарной сфере, а также формирование позитивного имиджа России за рубежом.
Агентство занимается поддержкой связи с соотечественниками за рубежом и содействием их добровольному переселению в Россию.
Также Россотрудничество поддерживает и продвигает русский язык, который тысячи иностранцев изучают в Русских домах.
Еще одним направлением деятельности является продвижение российской науки, культуры и образования. В Русских домах отбирают будущих студентов для обучения в российских вузах. За все время существования Россотрудничества число таких выпускников превысило 500 000.
С 2020 года Россотрудничеством руководит Евгений Александрович Примаков, в прошлом журналист и общественный деятель. Агентство подчиняется непосредственно президенту, но в силу своего формата оно подведомственно Министерству — в данном случае Министерству иностранных дел.
Как многие другие структуры, агентство состоит из нескольких управлений, а также Общественного совета, членами которого являются дипломаты, ученые, главы музеев и театров, ректоры вузов — например, Виктор Садовничий, ректор МГУ, и Александр Яковенко, ректор Дипломатической Академии.
Главный офис Россотрудничества находится в Москве на Воздвиженке — в старинной усадьбе Шаховского-Краузе-Осиповских.