Часть 1 У Дурслей
Действие второго романа о Гарри Поттере начинается в его 12-й день рождения. С начала лета Гарри не получил ни одного письма от Рона или Гермионы. Дядя Вернон, даже не вспомнив о дне рождения Гарри, требует от него весь вечер тихо сидеть в своей комнате. Сегодня в гости должны прийти важные партнёры по бизнесу.
В тот же вечер в комнате Гарри появляется домовой эльф по имени Добби и заявляет, что Гарри Поттеру нельзя возвращаться в Хогвартс, там ему грозит страшная опасность. Гарри отказывается выполнять просьбу Добби не возвращаться в школу, за что эльф совершает колдовство прямо на глазах у Дурслей и их гостей. Вскоре Гарри получает письмо, в котором сообщается, что несовершеннолетним волшебникам запрещено колдовать вне школы, и содержится угроза исключить Гарри Поттера при повторении подобного. Прочитав письмо, Вернон понимает, что бояться Поттера не стоит, и запирает его во вторую комнату Дадли.
Три дня Поттера держат взаперти, словно в тюрьме. Ночью к Гарри прилетают братья Уизли — Рон, Фред и Джордж — на принадлежащем их отцу летающем «Форде Англия», вызволяют и забирают к себе домой. По дороге они рассказывают, что Добби, вероятно, служит Драко Малфою — заклятому врагу Гарри. Отец Драко, Люциус, был близким помощником Волан-де-Морта, но после падения тёмного волшебника стал уверять, что ни к каким злодействам не причастен.
Часть 2 В гостях у Уизли
Остаток каникул Поттер проводит с семьёй Уизли. Они принимают его у себя как родного: мать Рона, Молли Уизли, постоянно с любовью заботится о Гарри, а отец Рона, работник Министерства Магии Англии Артур Уизли, становится другом Гарри и расспрашивает его о разных изобретениях маглов, которыми увлекается. Джинни Уизли, идущая в этом году на первый курс Хогвартса, краснеет и смущается при виде Гарри.
Гарри и семья Уизли едут за покупками перед школой в Косой Переулок, используя летучий порох. Гарри случайно попадает в Лютный переулок, в жутковатый магазин «Горбин и Бэрк». Там он видит Драко Малфоя и его отца Люциуса. Примерно через час в книжном магазине наши герои знакомятся с волшебником и писателем Златопустом Локонсом, который объявляет о своём назначении на должность учителя Защиты от Тёмных Искусств в школе Чародейства и Волшебства «Хогвартс». Но после этого они снова натыкаются на Малфоев. Оказывается, Малфои ненавидят семью Уизли за дружбу с маглами. Завязывается потасовка, которую останавливает Хагрид. В ходе ссоры Люциус с презрением вынимает из котла потрёпанный учебник Джинни Уизли и возвращает его обратно в котёл, утверждая, что Уизли не могут купить ничего лучше для детей, чем драные книжки.
На вокзал Кингс-Кросс семья Уизли и Гарри едут на машине Артура Уизли. Гарри и Рон должны попасть на платформу 9¾ последними, но у них это не получается: барьер, через который они должны пройти, их не пускает. Опоздав на поезд, они берут машину отца Рона и летят в Хогвартс. При посадке машина врезается в Гремучую иву и сбегает в Запретный лес. Гарри и Рон получают выговор от профессоров Северуса Снегга и Минервы Макгонагалл за то, что их автомобиль видели маглы (при взлёте отказала невидимость).
Часть 3 Хогвартс
В школе все только и начинают говорить, что о Локонсе, хотя он тщеславен и ничего не понимает в ЗОТИ (Защите От Тёмных Искусств). На своих уроках он читает студентам отрывки из своих книг, в которых описывал свои подвиги. Гарри и Рон относятся к Локонсу с презрением, а Гермиона — с обожанием. У Гарри появляется поклонник Колин Криви, первокурсник Гриффиндора. Колин всюду ходит с фотоаппаратом и фотографирует своего кумира.
В квиддиче начинаются проблемы — в команду Слизерина попадает Драко Малфой, а его отец покупает всей сборной мётлы «Нимбус-2001», которые гораздо лучше, чем у Гарри. Они на одной из тренировок бесцеремонно прогоняют гриффиндорцев.
Часть 4 Загадка Тайной Комнаты
Гарри на отработке у Локонса (она была назначена за разбитую Гремучую Иву) начинает слышать голос, который говорит об убийстве. Никто, кроме Поттера, этот голос не слышит. Гермиона считает, что лучше об этом никому не говорить, так как даже в магическом мире слышать то, чего не слышат другие — плохой признак. А на Хэллоуин случается происшествие — Гарри снова слышит тот голос и вместе с друзьями бежит сломя голову. Они попадают в коридор, залитый водой, где на канделябре висит кошка школьного завхоза Филча Миссис Норрис, а на стене — кровавая надпись «Тайная комната открыта! Трепещите, враги наследника!» Филч обвиняет в этом Гарри Поттера и утверждает, что тот убил кошку. Неожиданно Снегг заступается за Гарри, а Дамблдор развеивает опасения по поводу кошки. Она не убита, только оцепенела. Нужно несколько месяцев, чтобы вырастить мандрагору и приготовить зелье, которое вылечит кошку.
На уроке истории магии Гермиона выпытывает у профессора Бинса что-либо о «тайной комнате». Профессор неохотно рассказывает, что Салазар Слизерин — родоначальник факультета Слизерин, всегда был за то, чтобы в школе учились только чистокровные волшебники, но другие маги с ним не согласились. В конце концов Салазар ушёл, но, по легенде, оставил в Хогвартсе комнату, которую однажды должен открыть его наследник и избавиться от маглорождённых в школе. Легенда гласит, что в этой комнате находится чудовище, которым может управлять только наследник Слизерина.
Гарри, Рон и Гермиона подозревают в открытии комнаты Малфоев. Они решают создать Оборотное зелье и превратиться в Крэбба и Гойла, с тем чтобы выведать что-то у Драко Малфоя.
На игре Гриффиндора со Слизерином бладжер всё время атакует одного Гарри. Он падает, ломает руку, но ловит снитч другой рукой. Ночь Гарри проводит в больничном крыле. К нему приходит Добби и признаётся, что это он заколдовал бладжер на матче и заблокировал барьер к платформе 9¾, чтобы Гарри не смог попасть в Хогвартс. Добби знает, кто открыл Комнату, но не может сказать Гарри. После беседы с Добби в палату вносят Колина Криви с его фотоаппаратом. Он тоже оцепенел, а плёнка в фотоаппарате расплавилась.