Действие происходит в Москве 1930-х годов. Роман состоит из трёх параллельных сюжетных линий, которые сходятся в финале. Названия частей — условные.
Часть 1.Воланд и его свита. Знакомство с мастером
Жарким летним днём в Москве появился иностранец, называющий себя профессором-консультантом и специалистом по чёрной магии. Сопровождала его свита из трёх очень странных личностей, одной из которых был огромный, чёрный, говорящий кот.
Иностранец, оказавшийся сатаной Воландом, начал с того, что подстроил гибель видного литературного деятеля и поселился в его квартире, о которой немедленно пошла дурная слава.
Воланд — сатана, имеет вид хромого человека лет сорока, среднего роста с глазами разного цвета – чёрным и зелёным – и очень низким голосом, явился в Москву со свитой, представляется профессором чёрной магии.
Личности из свиты Воланда, склонные к жестоким шуткам, развели в Москве бурную деятельность и свели с ума несколько людей.
Одним из несчастных, угодивших в клинику для умалишённых, был поэт, писавший атеистическую поэму о Христе. В клинике он встретился с мастером, который написал книгу о Понтии Пилате, подвергся нападкам критиков и травле и из-за этого сошёл с ума.
Мастер — писатель, добрый и романтичный, устал от борьбы с обстоятельствами, любит Маргариту.
Возлюбленная мастера, красавица Маргарита, хотела лечить и оберегать любимого, но мастер не мог принять такой жертвы.
Маргарита Николаевна — возлюбленная мастера, очень красивая женщина лет тридцати с сильной волей, замужем.
Он покинул свою квартирку, долго бродяжничал и, наконец, попал в клинику. Пробыв в ней четыре месяца, мастер смирился и поверил, что Маргарита забыла его.
Главы о Воланде и мастере с Маргаритой перемежаются главами из романа мастера. В нём рассказывается о прокураторе Иудеи Понтии Пилате, который из-за предательского доноса не смог предотвратить казнь Иешуа Га-Ноцри.
Понтий Пилат — прокуратор Иудеи, жестокий, суровый человек, страдает сильными головными болями, от которых нет лекарства.
Иешуа Га-Ноцри — бродячий философ, наивный и мудрый, может исцелять, осуждён на казнь первосвященником Ершалаима.
Часть 2.Бал сатаны. Участь Мастера и Маргариты
Воланд прибыл в Москву, чтобы устроить ежегодный весенний бал. По традиции королевой бала становилась самая красивая в городе женщина по имени Маргарита. В этом году Воланд предложил эту почётную роль возлюбленной мастера.
После исчезновения любимого, Маргарите пришлось вернуться к мужу, но она не забыла мастера и приняла предложение сатаны, надеясь, что тот ей поможет. Намазавшись волшебным кремом, Маргарита стала ведьмой и полетела на бал верхом на половой щётке.
Обязанности хозяйки бала оказались тяжкой ношей, но Маргарита справилась.
После бала она потребовала вернуть ей мастера и их прежнюю жизнь. Воланд исполнил её желание.
Сатане пришло время покинуть Москву. На Воробьёвых горах он встретился с посланцем Иешуа, который передал сатане просьбу: подарить мастеру и Маргарите вечный покой, поскольку рая они были недостойны, а ада — не заслуживали. Влюблённые умерли в этом мире и вместе с Воландом и его свитой покинули Москву.
Параллельно заканчивается роман о Понтии Пилате. После казни Иешуа прокуратор отомстил, приказав убить подлого доносчика, но это не смягчило наказания, уготованного Понтию Пилату. Сотни лет он провёл на месте казни, дожидаясь прощения и встречи с Иешуа.
Воланд явился на место казни и отпустил Понтия Пилата — тот, наконец, встретился с Иешуа. Затем сатана попрощался с влюблёнными. Мастер и Маргарита навечно поселились в последнем приюте: уютном, тихом доме.
В эпилоге рассказывается о судьбах остальных героев романа.