Конституция СССР 1936 года установила ответственность и подотчетность СНК СССР Верховному Совету а в период между сессиями Верховного Совета СССР – его Президиуму. По Конституции СССР 1936 года СНК СССР объединял и направлял работу общесоюзных и союзно-республиканских наркоматов СССР и подведомственных ему хозяйственных и культурных учреждений, принимал меры по осуществлению народно-хозяйственного плана, государственного бюджета, осуществлял руководство в области внешних сношений с иностранными государствами, руководил общим строительством вооруженных сил страны. По Конституции СССР 1936 года СНК СССР имел право по отраслям управления и хозяйства, отнесенным к компетенции СССР, приостанавливать постановления и распоряжения СНК союзных республик и отменять приказы и инструкции наркоматов СССР.
Во время Великой Отечественной войны деятельность народных комиссариатов СССР была подчинена Государственному комитету обороны – чрезвычайному органу управления под руководством Председателя СНК СССР И. В. Сталина, который был создан на период войны и обладал всей полнотой власти в СССР.
Председатель Совета Народных Комиссаров СССР являлся главой советского правительства. Назначение на должность Председателя осуществлялось при утверждении состава правительства на сессии ЦИК СССР (с 1938 года – Верховного Совета СССР).
В каждой союзной и автономной республике действовали свои правительства – республиканские советы народных комиссаров – образуемые ЦИК (с 1938 года Верховным советом) соответствующей союзной или автономной республики. Республиканские правительства юридически не находились в непосредственном подчинении Совета Народных Комиссаров СССР, однако были обязаны в своей деятельности руководствоваться декретами и постановлениями союзного Совнаркома. Вместе с тем, союзно-республиканские народные комиссариаты в составе республиканских совнаркомов имели двойное подчинение – они одновременно подчинялись как совнаркому союзной республики, в рамках которого они были созданы, так и соответствующему союзно-республиканскому народному комиссариату СССР, приказами и инструкциями которого должны были руководствоваться в своей деятельности.
15 марта 1946 года Совнарком СССР был преобразован в Совет Министров СССР. Закон о преобразовании союзного правительства также предусматривал переименование подведомственных Правительству СССР союзных органов. Соответственно народные комиссариаты СССР были переименованы в министерства СССР, а наркомы – в министров.