Деревня Прокшино была основана в 1620-х годах дворянином Никитой ТимофеевичемКудриным. Располагалась она к югу от села Никольское и насчитывала три двора. Чуть позже Кудрин продает деревню Осипу Михайловичу Квашнину, при котором в 1646 г. в ней насчитывали уже хозяйский двор и 5 крестьянских с 15 жителями мужского пола. В последствии деревню еще не раз продавали или отдавали за долги владельцев.
До революции в Прокшино построили большую усадьбу Бенедиктовых, которуюукрашал роскошный сад, где росли многочисленные фруктовые деревья, кусты смородины, крыжовника, малины и ежевики.
С приходом советской власти в 1917 году на месте имения был организован колхоз «Ленинский путь», куда включили барские сады и огороды. В колхоз подались работатьте, кто ухаживал за садом еще при прежних хозяевах, поэтому на урожайности революционные перемены практически не отразились. Со временем колхоз «Ленинский путь» вошел в состав совхоза «Коммунарка». В 50-е годы XX века в Прокшиноискусственно вырыли каскад прудов. С 1 июля 2012 года деревня вошла в состав Москвы.
Еще в 2002 году согласно переписи населения в деревне проживало всего 22 человека (7 мужчин и 15 женщин), а сейчас это перспективный район со своей станцией метро и планами по реализации мегапроекта Новой Москвы: спортивно-событийногокластера, который станет уникальным для России и Европы.
Здесь расположится самый большой горнолыжный склон Москвы высотой с 33-этажный дом, бизнес-квартал с современными офисами-трансформерами, концертный и театральный залы, всесезонный курорт с горнолыжным склоном и спортивным объектами, центр молодежных видов спорта с многофункциональными аренами, крытый аквапарк с имитацией климата теплых стран и другие объекты, заточенные на популяризацию науки с элементами развлечений для детей и взрослых. Весь проект планируется запустить к 2035 году,однако, объекты будут вводить поэтапно. Первая очередь – бизнес-квартал «Прокшино» на 177 тыс. кв. метров, состоящий из пяти офисных зданий с торговой функцией.
