Жермен Пилон родился в 1537 году в парижском пригороде Сен-Жак, в семье резчика по камню Андре Пилона.
Жермен Пилон ещё только начинал обучаться скульптуре, когда Франциска I сменил Генрих II. Франциск I, страстный поклонник и знаток искусств, преклонявшийся перед итальянским Возрождением, и его сестра Маргарита Наваррская, покровительница поэтов, способствовали процветанию того, что сейчас зовётся французским Ренессансом. Париж стал центром влияния на интеллектуальную жизнь большинства стран Европы.
В 1547 году Франциск I умер, а преемник Генрих II не разделял его ренессансные устремления. Тому были объективные причины: феодальный кризис, противоречия веры, остатки феодального сепаратизма вылились в религиозные войны. Меняется и мировоззрение представителей искусства. Постепенно земная жизнь теряет своё очарование и радость, подменяется мыслями о таинственном загробном мире.
События во Франции повлияли и на творчество Пилона. Достаточно вспомнить, что он создал один из шедевров поздней готической скульптуры — религиозную по духу «Скорбящую Мадонну». Но Пилону был чужд аскетизм, отрешение от жизненных благ. Когда был недостаточный спрос на скульптуру, он умел получать блага из других источников. Пилон на время «забыл» о своей религиозной принадлежности.
В то тяжёлое время люди искали опоры отнюдь не в прекрасном. Искусство стремительно приходило в упадок. Наперекор всему карьера Пилона была успешной, даже блестящей. Честолюбивый, упорный, расчётливый, он умело добивался поставленных целей.
Имя двадцатилетнего Жермена уже упоминается в документах парижской корпорации ювелиров. Здесь он работал в качестве модельера, хотя скорее всего учителем был отец. В его мастерской он и получил профессиональные навыки.
Примерно в это же время Пилон устраивается на службу ко двору как подсобный мастер-скульптор. Жермен работает у Пьера Бонтана, выполняющего украшение гробницы Франциска I. Бонтан был своеобразным скульптором и, несомненно, оказал влияние на творчество Пилона. В гробнице Пилону приписывается скульптура Купидона, держащего перевёрнутый факел.