работах, написанных в 1890-е гг., Штейнер пришел к выводу, что мир невозможно постигнуть посредством одних только чувств, ибо чувства открывают человеку лишь внешнюю сторону вещей, а их суть остается от него скрытой. Вместо того чтобы направлять свои усилия на постижение внешних форм, человек должен обратить внимание на ту способность познания, которой обладает его душа — его внутреннее Я. Очистив и усилив эту способность, он может развить в себе умение как бы внутренним, «душевным» зрением постигать сущность любой вещи. Теперь, вобрав в себя опыт теософии, Штейнер смог значительно развить свои взгляды.
В 1901 г. он пишет книгу «Мистика на заре современной духовной жизни Нового времени», в которой доказывает, что мистический способ постижения мира ни в коей мере не противоречит современным знаниям о природе, а, напротив, значительно дополняет их.
В октябре 1902 г., по предложению графа и графини Брокдорф, Штейнер стал во главе немецкого отделения Теософского общества. Много времени он проводил в поездках, объезжая за год около сорока немецких городов, в которых действовали теософские кружки. В некоторые Штейнер ездил по несколько раз. Как правило, при этом он читал лекции, собиравшие все больше и больше народа.
Надо отметить, что именно в лекционных курсах, в живом общении со слушателями Штейнер нашел наилучшую для себя форму самовыражения. За свою жизнь он прочел бесчисленное количество лекций на самые разные темы, разъясняя и углубляя свое учение. С каждым годом оно становилось все более универсальным, вбирая в себя все новые и новые направления. Кажется, нет таких вопросов, каких бы он не коснулся в своих курсах будь то проблемы религии, современного политического положения, социологии, космологии, мифологии, искусства, философии, медицины, педагогики, сельского хозяйства и т. д. Поначалу Штейнер не придавал своим докладам большого значения. Но когда выяснилось, что конспекты его лекций вызывают большой интерес в обществе, переписываются и ходят по рукам, его последователи стали приглашать стенографистов. Расшифровки стенограмм потом просматривались Штейнером и издавались отдельными книгами. Благодаря этим курсам наследие Штейнера и оказалось столь значительно — 500 полновесных томов!
Теософское движение обрело в лице Штейнера яркого и оригинального мыслителя, обладавшего к тому же энциклопедическими познаниями в области естественных наук, философии и психологии. Он сам писал позже: «Годы с 1901 по 1907 или 1908 были для меня временем, когда все силы моей души были поглощены впечатлениями фактов и сущностей духовного мира». В короткое время в своих докладах, книгах и статьях Штейнер сумел развить, поправить и уточнить многие положения, высказанные Блаватской и ее последователями. В 1904 г. появилось фундаментальное исследование Штейнера «Теософия», в котором он обобщает и развивает ортодоксальное теософское учение о человеке. Однако выход в 1910 г. «Очерка тайноведения» (задуманного как учебник для развития новых форм мышления) ознаменовал собой начало новой эпохи как в мировом теософском движении, так и в мировоззрении самого Штейнера. С этого момента берет начало его собственное учение, получившее вскоре название антропософии. Многие его выводы и положения расходились с ортодоксальной теософией. Идейные разногласия привели в конце концов и к организационному обособлению. Не разделяя некоторые идеи Блаватской, Штейнер был часто не согласен и с той политикой, которую проводило руководство общества. В 1907 г., после смерти первого президента полковника Олкотта, во главе Теософского общества встали Анни Безант и Чарлз Ледбитер. Они считали, что задача теософского движения заключается не в тех принципах, что были провозглашены при его создании, а в подготовке человечества к приходу нового мирового Учителя и Спасителя. В 1909 г. в Адьяре, где находилась штаб-квартира общества, Лебдитер обнаружил индусского мальчика Кришнамурти, которого в 1910 г. провозгласил новым Христом для Запада и Буддой Майтрейей для Востока. Штейнер осудил эту затею, предвидя, что она принесет обществу одни неприятности. Большинство немецких теософов, находившихся под его влиянием, разделяли эту точку зрения.
Отношения с Анни Безант становились все более натянутыми. Наконец, в начале 1913 г произошел полный разрыв. Немецкую секцию исключили из Теософского общества, и вскоре она практически целиком вошла в основанное Штейнером Антропософское общество. Его штаб-квартирой стал построенный в швейцарском Дорнахе по проекту самого Штейнера Гётенаум — величественное здание, имевшее в своем комплексе театр.
В 1950–1980-е гг. он с успехом и неоднократно переиздавал свои ранние сочинения. Незадолго до смерти, уже будучи всемирно известным творцом дианетики и саентологии, он вернулся в литературу, опубликовав фантастический роман «Поле битвы — Земля» (1982) и 10-томную эпопею «Миссия — Земля» (первый том — 1985 г., последующие девять томов вышли уже после смерти автора. Все эти книги имели и по сей день имеют успех у читателей разных стран. Общий тираж художественных произведений Хаббарда составил к началу 1990-х гг. 38 миллионов экземпляров.