Поставили перед СССР вопрос об отношениях с прибалтийскими государствами. Поэтому, используя заинтересованность Германии в обеспечении своей безопасности на востоке в условиях ведения военных действий на западе, советское руководство стремилось получить свободу действий в отношении этих государств. В результате в соответствии с пактом о ненападении Молотова – Риббентропа вначале Латвия и Эстония, а затем, после заключения 28 сентября 1939 г. договора о «Дружбе и границе» с Германией, и Литва вошли в сферу интересов Советского Союза.
Первоначально в отношении Прибалтики руководство СССР планировало провести в жизнь уже оправдавший себя вариант с Западной Белоруссией и Западной Украиной. Для этого Генеральному штабу Красной Армии были даны указания спланировать масштабную наступательную операцию.
Так, 26 сентября 1939 г. нарком обороны СССР К.Е. Ворошилов направил командующему войсками Ленинградского военного округа К.А. Мерецкову директиву, в которой приказал: «Немедленно приступить к сосредоточению сил на эстонско-латвийской границе и закончить таковое 29.09.39 г. Задача Ленинградского военного округа – нанести мощный удар по эстонским войскам...»