Прагматичный и приземленный Иван, видимо, не был религиозен. Это последующие русские монархи будут свято верить в «помазанность» и в особые отношения с Богом, а Иван III точно знал цену своего самодержавия, поскольку создал его собственными трудами, не уповая на Божью помощь. Набожность и религиозную ревностность великий князь выказывал, только когда это было ему выгодно. Иван III спокойно относился к иноверцам, не побуждая к переходу в православие ни вассальных татар, ни приезжих европейских мастеров, ни иудеев, которых охотно брал на службу дипломатами, лекарями и торговыми посредниками.
Точно с таким же практицизмом строил государь и свои отношения с церковью. Она была ему нужна не в качестве духовной наставницы, а в качестве исполнительной помощницы и удобного политического инструмента.
Русской церкви, следовавшей византийскому принципу единения патриархии с императорской властью, было не так трудно смириться с этой подчиненностью. С 1448 года русские иерархи стали выбирать митрополита сами, без участия Константинополя. Фактически это означало, что первосвященника теперь назначал московский государь. Уходили в прошлое времена, когда пастырь мог публично осудить монарха за прегрешения, а митрополит – осерчать и уехать из Москвы. В первую половину Иванова княжения мы еще видим несколько случаев былой церковной независимости (вспомним, как преосвященный Вассиан корил государя за малодушное бегство с Угры), однако вскоре подобная непочтительность стала совершенно немыслима.
К этому же времени относится, кажется, последний в отечественной истории эпизод, когда глава духовенства взял верх над монаршей волей. Это произошло, когда Иван III слишком уж бесцеремонно вторгся в сферу, которая безраздельно принадлежала церкви. Во время торжественного освящения Успенского собора государь сделал выговор митрополиту Геронтию, что тот-де неправильно ведет крестный ход: против солнца. Геронтий возмутился – он, разумеется, лучше знал, как следует проводить шествия. Не вполне понятно, зачем равнодушному к церковной обрядности Ивану понадобился этот конфликт. Возможно, в момент освящения главного государственного храма великий князь хотел всем наглядно продемонстрировать, что собирается безраздельно властвовать и над церковью.Государь разгневался на митрополита и запретил ему освящать храмы. Геронтий в знак протеста заперся в монастыре. Эта ссора произвела волнение в народе. Неизвестно, чем бы всё закончилось, если бы не осложнилась политическая обстановка: хан Ахмат стал грозить войной, в тылу начался мятеж государевых братьев – и великий князь пошел к владыке на поклон. Признал правоту Геронтия и обещал впредь не вмешиваться в отправление церковных обрядов.Но когда гроза миновала, Иван припомнил митрополиту непокорство. Через некоторое время Геронтий по болезни вновь удалился в обитель, а потом, поправившись, пожелал вернуться, но государь его «не восхоте». Положение митрополита оставалось шатким вплоть до самой его смерти.