От того, к которой Руси – восточной или западной – присоединится богатый новгородский край, зависело, вокруг какого центра будет собираться новое русское государство: Москвы или Вильно?
Иван III понимал это лучше, чем его литовский соперник, и развил активную деятельность, в то время как Казимир в основном бездействовал.
Сначала великий князь заручился поддержкой Пскова, через земли которого пришлось бы идти литовскому войску. Затем Иван собрал большую рать и в начале лета 1471 года выступил в поход.
Так начался второй этап борьбы за Новгород – военный.
Москва и ее союзники, псковитяне и тверичи, шли на Новгород с разных сторон, опустошая и разоряя селения, безжалостно расправляясь с пленными. Когда Иван Васильевич считал, что противника нужно запугать, он умел быть жестоким. Пленникам отрезали носы и губы, после чего отпускали восвояси. Страшный вид обезображенных людей и рассказы о сожженных деревнях должны были вселить в новгородцев ужас.В городе действительно начались беспорядки, и московская партия попыталась воспрепятствовать организации сопротивления, но Марфа Борецкая и ее сторонники взяли верх. Было собрано огромное войско (если верить летописям – сорок тысяч человек), но это всё были обычные горожане, не видавшие боев, причем многие – насильно мобилизованные.
Незадолго перед тем новгородцы, «сей народ легкомысленный» (Карамзин), рассорились с присланным из Литвы военачальником князем Михаилом Олельковичем, и тот ушел вместе со своей дружиной. Республика осталась без главнокомандующего и без профессиональных воинов. Архиепископ, тяготевший к Москве, тоже не позволил своему «владычьему стягу» биться с законным государем.
Хуже всего для новгородцев было то, что Казимир, вопреки договору, на помощь так и не пришел – не захотел пробиваться с боями через Псковщину. Он предпринял вялые попытки договориться с Ливонским орденом, чтобы тот пропустил войско через свою территорию, но из этого ничего не вышло.
А события между тем развивались быстро. 15 июля 1471 года небольшая, но хорошо оснащенная и закаленная в боях великокняжеская рать под командованием Даниила Холмского, лучшего из московских полководцев, наголову разбила новгородское ополчение у реки Шелони.