Александр искал косвенный способ избежать открытой войны. В ноябре 1496 года он приказал объединить все тосканские доминиканские монастыри в новую тоскано-римскую конгрегацию, которая должна была подчиняться непосредственно падре Джакомо да Сицилия. Падре Джакомо был благосклонно расположен к Савонароле, но, по-видимому, принял бы предложение папы перевести монаха в другое окружение. Савонарола отказался подчиниться ордену унии и передал свое дело через голову папы широкой публике в брошюре под названием“Апология братьев Сан-Марко”. “Этот союз", - возразил он., "это невозможно, неразумно и вредно, и братья Сан-Марко не обязаны соглашаться на это, поскольку начальство не может отдавать приказы, противоречащие правилам ордена, а также закону милосердия или благополучию наших душ".26 Технически все монашеские общины были непосредственно подчинены папам; папа мог принудить к объединению общин против их воли; сам Савонарола в 1493 году одобрил приказ Александра об объединении доминиканской общины Святой Екатерины в Пизе против ее воли с Общиной Святого Марка Савонаролы.27 Александр, однако, не предпринял никаких немедленных действий. Савонарола продолжал проповедовать и опубликовал ряд писем, в которых защищал свое неповиновение папе.
По мере приближения Великого поста 1497 года Теаррабиати готовились отпраздновать карнавал такими празднествами, процессиями и песнями, которые были санкционированы при Медичи. Чтобы противостоять этим планам, верный помощник Савонаролы, фра Доменико, поручил детям общины организовать совсем другое празднование. В течение недели Карнавала, предшествующей Великому посту, эти мальчики и девочки ходили по городу группами, стучали в двери и просили—иногда требовали—отказаться от того, что они называли “тщеславием” или проклятыми предметами(анафема)—картины, считающиеся аморальными, любят песни, карнавальные маски и костюмы, накладные волосы, маскарадные платья, игральные карты, кости, музыкальные инструменты, косметика, злые книги, такие как "Декамерон" или "Органте маджоре".… В последний день Карнавала, 7 февраля, наиболее ярые сторонники Савонаролы, распевая гимны, прошли торжественной процессией за фигурой Младенца Иисуса, вырезанной Донателло и принесенной четырьмя детьми в облике ангелов, на площадь Синьории. Там была воздвигнута огромная пирамида из горючего материала высотой 60 футов и 240 футов в окружности у основания. На семи ступенях пирамиды были расставлены или выброшены “тщеславия”, собранные в течение недели или принесенные в жертву, в том числе драгоценные рукописи и произведения искусства. В четырех местах был разожжен костер, и колокола Палаццо Веккьо зазвонили, приветствуя это первое савонароловское “сжигание тщеславия”.*
Великопостные проповеди монаха перенесли войну в Рим. Соглашаясь с принципом, согласно которому Церковь должна иметь некоторую долю мирской власти, он утверждал, что богатство Церкви было источником ее деградации. Его брань теперь не знала границ.
Земля изобилует кровопролитием, но священники не обращают на это внимания; скорее, своим дурным примером они навлекают на всех духовную смерть. Они удалились от Бога, и их благочестие состоит в том, чтобы проводить ночи с блудницами.... Они говорят, что Богу нет дела до мира, что все приходит случайно; и не верят они, что Христос присутствует в таинстве ... Иди сюда, ты, непристойная Церковь. Господь говорит: Я дал тебе прекрасные облачения, но ты сделал из них идолов. Ты посвятил священные сосуды славе, таинства симонии. Ты стала бесстыдной блудницей в своих похотях; ты ниже зверя; ты чудовище мерзости. Когда-то ты испытывал стыд за свои грехи, но теперь ты бесстыден. Когда-то помазанные священники называли своих сыновей племянниками, но теперь они говорят о своих сыновьях.†… И таким образом, о блудливая Церковь, ты показала свою мерзость всему миру и воняешь до небес.28
Савонарола подозревал, что за такие тирады его отлучат от церкви. Он приветствовал это.
Многие из вас говорят, что будет объявлено об отлучении от церкви.... Со своей стороны, я умоляю Тебя, о Господь, чтобы это произошло быстро.… Неси это отлучение высоко на копье, открой ему врата! Я отвечу на это: и если я не удивляю тебя, то ты можешь говорить, что хочешь.… Господи, я ищу только Твоего креста! Позволь мне быть преследуемым; я прошу у Тебя этой милости. Не дай мне умереть в своей постели, но позволь мне отдать свою кровь за Тебя, как Ты отдал свою за меня 29.
Эти страстные проповеди произвели фурор по всей Италии. Люди приезжали из отдаленных городов, чтобы услышать их; герцог Феррарский пришел переодетым; толпа хлынула из собора на площадь, и каждая поразительная фраза передавалась от тех, кто был внутри, к тем, кто был снаружи. В Риме народ почти единодушно выступил против монаха и потребовал его наказания.30 Апреля 1497 года Теаррабиати обеспечил контроль над Советом и—под предлогом опасности чумы—запретил все проповеди в церквях после 5 мая. Подстрекаемый римскими агентами Рабиати, Александр подписал указ отлучение монаха (13 мая); но он дал понять, что отменит отлучение, если Савонарола подчинится призыву в Рим. Настоятель, опасаясь тюремного заключения, все же отказался, но в течение шести месяцев хранил молчание. Затем, в День Рождества, он отслужил Великую мессу в Сан-Марко, совершил евхаристию своим монахам и повел их торжественной процессией вокруг площади. Многие были шокированы отлучением от церкви во время праздничной мессы, но Александр не протестовал; напротив, он намекнул, что отзовет отлучение, если Флоренция присоединится к лиге, чтобы противостоять второму вторжению из Франции.31 Синьория, поставив на успех французов, отклонила это предложение. 11 февраля 1498 года Савонарола завершил свое восстание проповедью в Сан-Марко. Он осудил отлучение от церкви как несправедливое и недействительное и обвинил в ереси любого человека, который должен был подтвердить его законность. Наконец, он сам издал отлучение от церкви:
Поэтому на том, кто дает команды, противоположные благотворительности, сидите [да будет проклятие]. Если бы такое повеление было произнесено ангелом, даже самой Девой Марией и всеми святыми (что,безусловно, невозможно), сидите под анафемой ... И если какой-либо папа когда-либо говорил об обратном, пусть он будет объявлен отлученным от церкви.32
В последний день перед Великим постом Савонарола отслужил мессу на открытой площади перед собором Святого Марка, совершил причастие перед великим множеством людей и публично помолился: “О Господи, если мои дела не будут искренними, если мои слова не будут вдохновлены Тобой, порази меня насмерть в это мгновение”. В тот день днем его последователи устроили второе сожжение тщеславия.