- Несколько ранее появились и новые Ju88C-4, начавшие поступать на вооружение I/NJG2 летом 1941 г. Основой для новой модификации ночного истребителя послужил фронтовой бомбардировщик Ju88A-4 с увеличенным до 20 м размахом крыла и новыми двигателями Jumo211F, развивавшие на взлётном режиме 1340 л. с. и 1060 л. с. на высоте 5200 м. Как и у Do215B-5, более аэродинамически чистая носовая часть и существенный рост мощности силовой установки обеспечили истребительному варианту «Юнкерса» заметный в сравнении с бомбардировщиком прирост максимальной скорости, достигшей отметки в 495 км/ч. Значительно изменилось и наступательное вооружение. В частности, на большей части Ju88C-4, исчез MG15 на ограниченно подвижной установке для стрельбы вперед. Количество модернизированных 20-мм пушек MG/FFM в штатной комплектации возросло до трёх, при этом две из них располагались в передней части подфюзеляжной гондолы. Их дополняли три пулемёта MG17. Трудно сказать, что заставило немецких конструкторов отказаться от более эффективных MG151/20. Возможно, эти артсистемы во всё возрастающих количествах требовались для Bf109F и FW190A, а неотмобилизованная германская промышленность попросту не успевала выпускать их в требуемых объёмах. Впрочем, уже в частях многие самолёты вместо двух носовых пулемётов MG17 получали пару MG/FFM — благо это оружие отличалось небольшой массой (26 кг) и было весьма компактным.
Усилилось на новых машинах и бомбардировочное вооружение, так как помимо сохранившегося заднего бомбоотсека и переднего, в котором традиционно разместили дополнительный топливный бак ёмкостью 1220 литров, под центропланом смонтировали четыре бомбодержателя ЕТС500. На них помимо бомб можно было подвесить дополнительные бензобаки или контейнеры с тремя пулемётами MG81Z в каждом. Правда, в частях экипажи предпочитали на них вешать либо пару 300-литровых баков, либо бомбы массой по 250 или 500 кг. Особой популярностью пользовались кассетные боеприпасы АВ500, начиняемые мелкими (массой 2 кг) «фугасками» и «зажигалками». По не совсем понятной авторам причине лётно-технический персонал Люфтваффе их почему-то называл «ананасами». Эти «плоды» были очень эффективны при ударах по аэродромным стоянкам. Единственным их недостатком было то, что Ju88C мог поднимать на внешней подвеске только две таких бомбы.