27 февраля 1597 года Земским собором был избран на царство Борис Годунов
В январе 1598 г. умер бездетный царь Фёдор Иоаннович (сын Ивана Грозного). Разразился династический кризис, так как брат царя Дмитрий был убит (предположительно по заказу Годунова). В феврале того же года Земский собор избрал на царство Бориса Годунова. По случаю его восшествия на русский престол в столице были проведены большие празднества, объявлена всеобщая амнистия; были предоставлены льготы уездному дворянству. На некоторое время в стране были прекращены все казни.
Начало царствования Бориса Годунова ознаменовалось сближением России и Запада. Государь приглашал иностранцев на русскую службу, освобождая их от налогов.
Но последующие годы правления Годунова были тяжёлыми. Из-за неурожая 1601-1602 гг. страна стала голодать, даже открытие царских амбаров не помогло. В результате в стране начались волнения и бунты, самый крупный из них был по предвадительсвом атамана Хлопка в 1603 г. Царские войска смогли разбить восставших, но успокоить страну не удалось.
В 1604 году объявился якобы не умерший Дмитрий, который по факту оказался бежавший в 1602 г. в Польшу монах Чудова монастыря Григорий Отрепьев, происходивший из галицких дворян.
В октябре 1604 г. Лжедмитрий с небольшим числом поляков и казаков двинулся на Москву. Повсюду к нему присоединялись недовольные правлением Годунова. Однако в январе 1605 г. неподалёку от города Севска правительственные войска наголову разбили армию самозванца, который вынужден был уйти в Путивль. В это время сам царь Борис разительно переменился и стал всё больше отходить от государственных дел. К тому же всё чаще давала о себе знать его застарелая болезнь – подагра.
В апреле 1605 г. Борис Фёдорович Годунов при невыясненных обстоятельствах скончался у себя во дворце Кремля. По официальной версии, царь умер от апоплексического удара.