Антибиотики и противовирусные препараты отличаются друг от друга принципиальным образом. Они действуют на разные возбудители, которые, в свою очередь, по-разному взаимодействуют с человеческим организмом.
Бактерии — за единичными исключениями — не попадают внутрь клеток, поэтому антибиотики «отлавливают» их в крови, других биологических средах, а также в межклеточном пространстве. Действие антибиотиков направлено на клеточную стенку; на рибосомы внутри бактерий, где осуществляется синтез белков; на критически важные для бактерий молекулы — например, некоторые антибиотики лишают возможности захватывать и использовать фолиевую кислоту.
Вирусы же — неклеточная форма, которая проявляет свойства живого только после проникновения внутрь клеток. Там вирусы перехватывают управление и синтезируют свои копии, пользуясь нашими ресурсами.
Поэтому противовирусные средства прежде всего должны уметь проникать через клеточные мембраны (чтобы последовать за вирусами внутрь клетки). Далее они должны воздействовать на характерные только для вируса белки или фрагменты генома — ведь в противном случае пострадают наши собственные клетки. Удар может наноситься по специфическим ферментам, которые вирусы приносят с собой — например, по обратной транскриптазе ВИЧ. В редких случаях противовирусные средства предотвращают связывание вируса с мембраной клетки, но это уже скорее из области новых разработок времен ковидной пандемии.
По этим и многим другим причинам антибиотики и противовирусные препараты принципиально не взаимозаменяемы. Они работают каждый в собственном спектре возбудителей и не способны причинить вред патогенам вне своей зоны ответственности.
Иногда их действительно могут назначать параллельно, но это происходит в тех случаях, когда к вирусной инфекции присоединяется (параллельно) бактериальная: например, пневмококковая пневмония при гриппе или Covid-19. Противовирусные препараты в такой ситуации будут работать по первичному возбудителю — вирусу гриппа или SARS-CoV-2, а антибиотики — по пневмококку.