После смерти Убайдуллахана происходит то, что подвергло династию Шейбанидов первому серьёзному испытанию. Если при Убайдулле мало кто пытался оспорить его главенствующее положение во всех сторонах жизни, то после его смерти происходит пересмотр приоритетов. Его старший сын Абдулазиз родился в городе Бухаре в 1509 году, хотя в других источниках указывается другая дата, 1513 год. Матерью наследника была Кутлык Султан-ханым. История матери первенца была не менее интересной, чем история самого Убайдуллахана.
Кутлуг Султан Ханым родилась в семье казахского хана Касыма и его любимой жены Ханык Султан Ханым. В 1512 году джуйбарский шейх Ходжа Ислам из-за вторжения в Мавераннахр войск Бабура был вынужден прибегнуть к убежищу в Казахском ханстве. После того, как опасность миновала и шейх решил вернуться в Бухару, Касым хан поручил ходжа Исламу заботу о своей дочери, которая, только что засватанная за нового правителя Мавераннахра Убайдулла-хана, уезжала вместе с караваном в далекую Бухару. Казахская принцесса, дочь Касым хана Кутлуг Султан Ханым, родившая в 1513 году Убайдулла хану наследника престола Абдулазиза, впоследствии снискала уважение жителей Бухары своим умом и религиозностью. Ее прозвали в народе «Казак-ханым». Владея крупными земельными наделами в Бухаре, она занималась благотворительностью, благоустройством города.
Что касается ходжи Ислама, то еще в 12-летнем возрасте, он, при содействии своего деда, становится мюридом одного из популярнейших мистиков (суфиев) Средней Азии первой половины XVI в., ходжи Касани, известного также под почетным прозвищем Махдум-и А’зам «Верховный владыка», который являлся духовным наставником султана Джанибека, а затем его сына, султана Искандера.
В 1526 году его назначают губернатором города Астрабада, который был захвачен его отцом Убайдулла-султаном. Первоначально город назывался Горган и был известен ешё во времена Дария I.
Сложно предполагать, что тринадцатилетнего мальчика назначают губернатором города или скорее наместником. И не просто в захваченном городе, а шиитском городе. В любом случае он не мог родиться до столкновения Бабура и Убайдуллахана и победы последнего в Мавераннахре. Иначе Касым-хан нашёл бы себе другого зятя, более успешного и воинственного. Но с тех пор уважение к джуйбарским шейхам, заложенное в результате успешного сватовства и путешествия, дало свои положительные плоды.
Так же, как и его отец в своё время сопровождал отца Махмуда-багатура и своего дядю Мухаммеда Шейбанихана, так и Абдулазиз-султан сопровождал своего отца во всех сражениях. Как в Хорасане, так и в Хорезме. К сожалению для молодого султана, его наместничество в Хорезме закончилось поражением Дин-Мухаммад-султана и бегством в Бухару.
Из всего этого можно сделать вывод, что на Бухару если и претендовал кто-то из других Шейбанидов, то ничего не получил. Камнем преткновения стала система наследования власти по старшинству. После кончины Убайдуллахана, старшим в роду считался не его сын, а сын Кучкунджихана, Абдулатиф. Он не признавал власти Абулфайзхана, объявившего себя верховным правителем в Мавераннахре. Ему после долгих трудов, столкновений и переговоров удалось утвердится в Самарканде. И по возрасту он был значительно старше своего соперника.
Отзыв Захириддина Бабура о Самарканде говорит сам за себя и о глубоком уважении потомка к своему прародителю. «Самарканд — главный город страны, всю страну называют Мавераннахр. Так как ни один враг не захватил Самарканд силой и победой, то его называют «город, хранимый Аллахом». Самарканд стал мусульманским во времена повелителя правоверных Османа… Самарканд построен Искандером. Народы моголов и тюрков говорят «Симизкенд». Тимур-бек сделал Самарканд столицей; до Тимур-бека ни один государь, столь великий, как Тимур-бек не делал Самарканд столицей… Все жители Самарканда — люди чистой веры, соблюдающие закон и благочестивые. Со времени святейшего посланника Божьего ни из какой страны не вышло столько имамов Ислама, сколько их вышло из Мавераннахра. В Самарканде и его пригородах много строений и садов времен Тимур-бека и Улуг-бека-мирзы. В Самаркандском арке Тимур-бек воздвиг огромное здание в 4 яруса, оно называется Кук-Сараем… Лучшая бумага в мире выходит из Самарканда… Ещё один известный самаркандский товар — малиновый бархат. Его вывозят во все земли и страны». Бабур-наме.
Родился Абдулатиф где то в Центральной Азии в 1495 году. Судя по всему он был почти на двадцать лет старше своего родственника – соперника. Не признавая власти друг друга, они независимо чеканили каждый свои монеты с одним и тем же чеканом «Хакан сын хакана Абулгази бахадурхан».
Абдулатиф-хан, сын внука Мирзо Улугбека Кучкунджи-хана, правивший в Самарканде в 1540—1551 годах, считался знатоком истории Мавераннахра и династии Шибанидов. Он покровительствовал поэтам и учёным. Он сам писал стихи под литературным псевдонимом Хуш. При правлении Абдулатиф-хана в официальной документации использовался не только персидский, но и узбекский язык.
Но положение противостояния не могло продолжаться достаточно долго. Рано или поздно трагическое столкновение должно было состояться. В дело, по просьбе Кутлуг Султан Ханым, вступил ходжа Исмаил со словами примирения. Примирить то их примирил и добился временного мира на территории Мавераннахра, но ни один своей власти не уступил. Это явилось продолжением противостояния. Поскольку после смерти обоих ханов это противоречие перешло к их наследникам. Точно так же, как и война.
В Бухаре объявил себя правителем сын Мухаммад-Рахим-султана, брата Абдулазизхана, Бурхан-султан. А в Самарканде стал правителем Науруз Ахмад-хан, сын Суюнчихана.