Среди наследников Шейбанихана выделяется одни яркий представитель династии шейбанидов — его племянник, сын младшего и единственного родного брата Махмуда-багатура. Не сын, а племянник Мухаммеда Шейбанихана Убайдулла пользовался огромным уважением и авторитетом среди родственников, бывших довольно суровыми со своей амбициозной роднёй. Даже двоюродные дедушки Убайдуллахана почти спокойно смирились с его лидирующим положением в династии. И один, Кучкунджи-хан, и второй, Суюнчи-хан, и их дети молча терпели то, что они номинальные правители. А вся реальная власть в руках Убайдуллахана.
Первое, что выдвинуло этого молодого человека в лидирующее положение — это его смелость, граничащая с отчаянным стремлением установить первенствующее положение суннизма на территории Мавераннахра. В связи с этим он даже получил новое имя — Муизз Ад-дин, что значит «прославляющий Веру»
Второе. Убайдулла быстро понял, что рядом с ним должен быть человек, регулярно описывающий его подвиги и деяния. Ежедневно и еженощно. В этом он взят пример со своего дяди, который был для него больше, чем военный командир и отец. Таким человеком рядом с ним стал Фазлиаллах ибн Рузбихан. С 1512 г. при дворе Убайдуллы в Бухаре жил этот известный ученый, который в 1514 году написал для Убайдуллы книгу «Сулук ал-мулук» — «Правила поведения государей».
Третье. В своё время султан, а позже хан много учился. Знал языки, арабский и персидский, прекрасно писал на них, учился в медресе и сам построил несколько таких учебных заведений. Зная пользу учёности, он поддерживал шейхов, знатоков фикха и шариата. Но понимал, что живёт на свете благодаря неустанному труду простых пахарей и скотоводов и старался облегчить их налоговое бремя.
Изображений Убайдуллахана не сохранились, но есть миниатюры, относящиеся к периоду его правления и возможно, где то там, на этих миниатюрах и сохранилось его изображение.
История Шейбанидов предоставляет любопытные факты. Постоянный и неразлучный спутник Шейбанихана, соратник, брат Махмуд-султан, принес в 1487 г. своего новорожденного сына к известному самаркандскому шейху Ходже-Ахрару с просьбой благословить и наречь его. И Ходжа-Ахрар нарек ребенка «по безмерному благоволению к нему» своим собственным именем — Убайдуллой. Считается, что ребёнок родился в Вазире, Хорезме. Этим ребёнком был первенец Махмуд-багатура, Убейдулла.
Духовным наставником самого Убайдуллы был ученик Ходжи Ахрара, йеменский шейх — Саййид Абдуллах ал-Яманий, прибывший в Самарканд. Убайдулла-хан получил хорошее образование. Он обучался хадисам у Ходжи Маулана Исфахани, правоведению у Махмуда Азизана.
После гибели Шейбанихана согласно «Алам ара-и Сефеви» везирь Шейбани, Ходжа Камал-ад-Дин Махмуд Сагерчи, бежал с поля боя и приказал запереть ворота Мервской крепости. В это время в Мерв прибыл с войсками Убайдуллахан из Бухары. Ходжа Камал-ад-Дин не пустил его в крепость. Убайдуллахан долго уговаривал, но, убедившись, что Ходжа не откроет ворота крепости, просил отдать ему Могол-ханум. Убайдуллахан, посадив ее на коня, сказал: «Шахи-беку надо было раньше умереть». После этого они отправились в Бухару. Достоверность этих сведений подтверждается данными «Тарих-и шах Исмаил» и «Ахсан-ат-таварих». В этих сочинениях также сообщается, что Убайдуллахан прибыл в Мерв после того, как узнал о поражении Шейбани и гибели хана: он забрал Могол-ханум у Ходжа Камал-ад-Дина и отправился в Бухару.
Таким образом, складывается впечатление, что Кучкунджи-хан со своим младшим братом Суюнчи-ханом не очень-то стремились становиться под знамёна своего племянника. Хотя сын Шейбанихана Мухаммед Тимур-султан и двоюродный дядя Джанибек-султан прибыли с огромным войском в Мерв. Мухаммед Тимур, узнав о смерти отца, требует у везира гарем и казну своего отца. Ходжа Камал-ад-Днн ответил, что прибыл вестник от шаха Исмаила и, передав приказ не отдавать казну, иначе шах истребит народ Мерва. Далее он сообщает, что Могол-ханум ушла с Убайдуллаханом. Мухаммед Тимур отправляется в Бухару вслед за Могол-ханум и Убайдуллаханом.
Некоторое время спустя Убайдулле-султану удалось взять реванш над войсками Исмаила Сефеви. В 1512 г. кизылбаши под руководством Наджми Сани совместно с Бабуром отправляются в поход на Мавереннахр. Истребив население Карши, они продвигаются дальше 120 и около Гиждувана вступают в сражение с узбекскими ханами. Сефевидское войско было разбито, а его предводитель — Наджми Сани взят в плен и убит по приказу Убайдуллахана. Бабур отказался от претензий на Мавереннахр и отправился в Кабул. После этих событий Шейбаниды вновь захватили территорию современного Туркменистана.
Эта победа имела историческое значение.
Во-первых, страна сохранила свою независимость от сефевидского Ирана.
Во-вторых, традиционное суннитское направление ислама сохранилось в Средней Азии.
С 1533 по 1540 Убайдулла носит титул: хан Бухары. Он становится четвёртым ханом Бухарского ханства.
Убайдуллахан считался одним из самых образованных правителей Шейбанидской династии. Он был автором таких дидактических поэм как: «Сабрнома», «Шавкнама» и «Гайратнама». Сложно сказать об их действительной художественной ценности для современного человека, поскольку переводы на современный язык отсутствуют.Список его стихотворения на тюркй «Диван-иУбайди» хранится в Лондоне, в Британском Музее. Чем дольше я знакомлюсь с историей Шебанидов, тем чаще сталкиваюсь с тем, что достояние предков хранится где угодно, только не в Узбекистане.
В присырдарьинском городе Сауране Убайдулла-ханом в 1515 году было построено медресе. До этого момента на территории Даштикипчака медресе отсутствовали. Размеры сооружения довольно внушительны — 31,5×28 м. Главный вход и минареты выходили на северо-запад. Здание располагалось на цоколе высотой 1,2 м. Конструкция этого здания включала в себя несколько айванов, в том числе входной, к которому вела лестница шириной более трёх метров. Он прорезал цоколь и внутренний прямоугольный двор внушительного размера. Толщина несущих стен превышала полтора метра. Под минаретами был устроен многослойный сейсмостойкий фундамент. До наших дней наилучшим образом сохранились фундаменты худжр. Это однокомнатные жилые помещения для преподавателей и учащихся медресе. Минареты какое-то время сохранялись и после исчезновения города, но во второй половине XIX века обрушились. В настоящее время это сооружение отсутствует.
Кроме этого Убайдуллахан совершил исторический шаг — перенёс столицу из Самарканда в своё удельный город — Бухару и украсил её великолепным строением — медресе Мир-Араб.
В 1530 году было начато строительство медресе Мири Араб, которое превосходило. Новое медресе было названо в честь арабского ученого, выходца из Йемена Амира Абдуллы аль-Ямани, ученика влиятельного накшбандийского шейха Ходжи Ахрара и духовного наставника Убайдуллы-хана.Внутренний двор окружен двухъярусной галереей с 111 худжрами, которые предназначались для студентов. Летние аудитории выполнены в виде айванов с небольшими порталами, а с наступлением холодов занятия проводились в дарс-ханах, находящихся в дальних угловых помещениях. Обучение в медресе было почетным и доходным занятием: студенты обеспечивались не только проживанием и питанием, но и приличное содержание за счёт вакфа.
Убранство медресе выполнено из «качинес» из очень тонкой мозаики и изразцов с растительным и цветочным орнаментом, геометрическими узорами, эпиграфическими арабесками. Им покрыты барабаны портала, ложи фасада, своды келий и барабаны куполов. Внутри гурканех наиболее богато украшен, от пола до потолка покрыт мозаикой и глазурованной плиткой, а также ганчем
Убайдуллахан скончался в 1540 году и был похоронен в северном крыле медресе Мир Араб в Бухаре, рядом со своим наставником Абдулла Яамани Хазармавти. После него на бухарский престол взошел сын Кучкунджи-хана Абдулла-хан I, а затем сын самого Убайдуллахана Абдалазиз-хан. Этот период в жизни ханства отличается междоусобицами.