18 декабря 2003 года во время прямой линии» с россиянами президентом России В.В. Путин рассказал о своем намерении баллотироваться в президенты России на второй срок. Через несколько месяцев, в очередные президентские выборы 14 марта 2004 года Путин был легко избран на второй срок, получив в первом же туре 49 565 238 голосов избирателей (71,31%).
Ситуация на президентских выборов 2004 года была настолько безнадежна для оппозиции, не имевшей весомых доводов, что лидеры политических направлений даже не стали выдвигать свои кандидатуры на выборы. Впервые на президентских выборах КПРФ не выставила своего лидера Г. А. Зюганова.
И действительно представитель от КПРФ Н.М. Харитонов набрал только 13,6%, лидер блока «Родина» С.Ю. Глазьев - 4,1%, представитель от демократов И.М. Хакамада – 3, 84%, от ЛДПР – О.А. Малышкин – 2,02%. Последние, таким образом, прошли вообще чуть ли не по статистической погрешности.
Примерно за две недели до президентских выборов 14 февраля 2004 года В.В. Путин отправил в отставку правительство Михаила Касьянова, которого в марте сменил М.Е. Фрадков.
Правительство Фрадкова получило концептуальную задачу удвоения ВВП. Для исправления «сырьевого крена» в развитии российской экономики, президент подчеркнул важность прогресса в отраслях, которые базируются на высоких технологиях и производят наукоемкую продукцию. Правительство активизировало усилия в инновационной области.
Особое внимание стало уделяться развитию нанотехнологий, которые в президентском послании Федеральному собранию в 2007 года В.В. Путин обозначил в качестве одного из наиболее приоритетных направлений развития науки и техники. В 2007 года Российская корпорация нанотехнологий была создана специальным Федеральным законом. К 2011 года при ее участии было открыто 30 новых производств, в которых применялись новые технологии.
Помимо этого, второй президентский срок Путина характеризовался усилением государственного контроля в сферах экономики и информационной политики, наступлением на позиции олигархов, региональных элит и оппозиционных сил, что большинством россиян, кроме либеральных сил, было встречено одобрительно.
Активная созидательная деятельность В.В. Путин в годы первого срока президентства так положительно выделялась по сравнению с правлением предшествующих лидеров страны – от Л.И. Брежнева до Б.Н. Ельцина, что во время президентских выборов 2004 года он набрал большую долю голосов избирателей – более 70% (71, 31%) от пришедших на выборы. Уже это подтвердило мнение россиян о деятельности президента.
Россияне обнаружили, как и за что они считаются с политиками. Огромная популярность среди избирателей показала, что президент самостоятельная важная политическая фигура, а не игрушка в руках Б. Н. Ельцина, как хлестко характеризовала В.В. Путина некоторые «желтые» издания.
Простым людям после черных 1990-х годов импонировала экономическая и политическая стабильность в стране, возврат на международной арене России, как могучей державы и так далее.
Во второй своей инаугурационной речи В.В. Путин, подчеркнув, что цели первого срока – сохранение единства страны и укрепление государства – достигнуты, заявил о необходимости укреплять гражданское общество, реальную многопартийность и личные свободы граждан: «Только свободные люди в свободной стране могут быть по-настоящему успешными», - отметил он.[
Выступая на расширенном заседании правительства 13 сентября 2004 года, вскоре после бесланского теракта, Путин объявил о грядущих изменениях политической системы страны. Главным нововведением должен был стать отказ от прямых выборов глав субъектов федерации. Губернаторы должны были назначаться президентом с последующим утверждением в местных законодательных собраниях. Реформы обосновывались необходимостью усовершенствования государственного механизма страны, столкнувшегося с угрозой международного терроризма: таким образом, поводом для перестройки государственной власти в России стали теракты.
9 мая 2005 года торжества в Москве, посвященные 60-летию победы в Великой Отечественной войне, прошли с невиданным ранее размахом — Россию по приглашению Путина посетил целый ряд глав государств, правительств и международных организаций. Присутствовали лидеры мировых держав - США, Франции, Италии, ФРГ, КНР. Приглашение российского президента было отвергнуто лишь президентами Литвы и Эстонии, считавших, что победа СССР привела к оккупации их стран, а также президентом Грузии Михаилом Саакашвили, открыто проводившим в этот период антироссийскую политическую линию.
Кроме того, во время второго срока Путина приоритеты государственной политики по-прежнему излагались в посланиях к Федеральному Собранию. 26 мая 2004 года были провозглашены три «национальных проекта»: преодоление бедности, модернизация вооруженных сил и жилищная реформа. В шестом послании (25 апреля 2005 года) либеральные инициативы в экономической сфере и ориентация на утверждение в России свободного демократического общества соединились с прежним курсом на создание эффективного государственного аппарата. Кроме того, в преддверии 60-летия победы в Великой Отечественной войне Путин упомянул о «солдатах свободы», избавивших мир от фашизма, и отметил историческую роль СССР в победе над Гитлером и его союзниками. В седьмом президентском послании, обнародованном в мае 2006 года, Путин уделил основное внимание двум темам: во-первых, это вопросы демографии и семьи, во-вторых — необходимость модернизации армии. Кроме того, послание содержало критику в адрес США.
Население, видя, что положение в стране стабилизируется, начало успокаиваться. По данным ВЦИОМ того времени, более 60% россиян уже не интересовалась политикой, акцентировавшись на свои человеческие ценности.
Второй срок правления В.В. Путина внешне не выглядел ярко эффектно. Россиян особо волновала опасность третьего срока президентства, кадровые перестановки в правительстве и в парламенте, экономические вопросы. Ушли в прошлое проблемы сохранения страны, опасности развала.
Сам президент назвал главным для этого срока реформирование государственного аппарата, подъем экономики, ликвидацию бедности. После вспышки терроризма в августе-сентябре 2004 года борьба с этой напастью также становится важной задачей государства.
Происходит изменение ряда избирательных процедур, не выдержавших испытаний временем. В 2004 году меняется порядок замещения должностей глав субъектов России. Вместо избрания всенародным голосованием главы регионов стали назначаться президентом страны с согласия региональных парламентов. президент получил право отзывать губернатора, а региональные парламенты – выражать губернатору недоверие.
Провинциальная власть была окончательно привязана к федеральной. Ведь излишне самостоятельного и даже сепаратистки настроенный кандидат просто не будет выдвинут. «Задурить» избирателей одного региона и на этой волне пробраться в власть уже не получится.
Тогда же происходит изменение порядка формирования Государственной Думы. Были отменены выборы депутатов Госдумы по мандатным округам. Попасть в Думу стало возможно только в составе партийного списка. При этом с 5% до 7% увеличен проходной барьер в Госдуму для партий. В избирательных бюллетенях отменена графа «против всех». Отменено право на участие в составе избирательных блоков всех общественных объединений, кроме политических партий.
Эти меры способствовали укрупнению партий, стабилизации политической сферы. К власти могли пройти только большие стабильные партии, поддерживаемые государством.
Влиятельные политики, имеющие большой авторитет за прошлые «заслуги», уже не могли забраться в парламент России.
В качестве определенной «компенсации» ужесточения порядка выборов в Государственную Думу и в целью создания в стране «гражданского общества» В.В. Путин предложил создать Общественную палату России – совещательный орган, призванный представлять гражданское общество.
Она была сформирована в 2005 года и осуществляла взаимодействие граждан с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов РФ и органами местного самоуправления в целях учёта потребностей и интересов граждан РФ, защиты прав и свобод граждан РФ и прав общественных объединений. Палата является органом общественного контроля за деятельностью федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов РФ и органов местного самоуправления.
В целом зам этот период (2004 – 2008 годы) обозначался как время стабилизации российской демократии и независимого Российского государства. Крепли государственные и общественные институты, уже никто не задавался ни в мире, ни в стране о возможности распада России и создания независимых «Московии», «Урало-Поволжья», Сибирского государства и т.д.
В 2007 году с приближением ежегодного празднования победы в Великой Отечественной войне возникла дискуссия о символике Знамени Победы, которое традиционно представляло собой красное полотнище с серпом и молотом. Парламентская фракция партии «Единая Россия» при поддержке ЛДПР выступила с инициативой замены серпа и молота на одну большую пятиконечную звезду. Идея вызвала большое недовольство у ветеранов ВОВ и других сторонников неприкосновенности старого символа. 20 апреля 2007 года Путин, как было официально заявлено — «в связи с многочисленными обращениями ветеранских организаций», отказался подписывать законопроект об учреждении нового вида знамени и вернул его в Госдуму. Депутаты проголосовали за новый законопроект, сохраняющий исторический образ Знамени Победы. Законопроект был благополучно утвержден Советом Федерации 4 мая, а 7 мая его подписал Путин.
Вопрос о Знамени Победы обсуждался на фоне конфликта вокруг решения эстонских властей о переносе из центра Таллина памятника советским солдатам (так называемый «Бронзовый солдат»), погибшим во Второй мировой войне. 27 апреля памятник был демонтирован, и это вызвало массовые беспорядки с участием русскоязычных жителей Эстонии в Таллине, осуждение со стороны российских властей, а также акции протеста. Путин высказывал «серьезную озабоченность» развитием событий вокруг памятника. 30 апреля «Бронзовый солдат» был открыт для посещений на новом месте — на военном кладбище Таллина, а 8 мая, в день официального празднования победы союзников во Второй мировой войне, представители эстонского правительства во главе с премьером Андрусом Ансипом возложили к памятнику цветы.
18 мая 2007 года, комментируя результаты прошедшего в резиденции «Волжский утёс» саммита Россия-ЕС, Путин вновь остановился на эстонской теме. Он возложил на власти Эстонии ответственность за смерть Дмитрия Ганина, российского гражданина, погибшего в ходе апрельских беспорядков в Таллине. Путин сообщил, что участники саммита обсудили проблему нарушения прав русскоязычного населения в Эстонии и Латвии. Тем не менее, по словам российского президента, трудности в отношениях с прибалтийскими странами не стали препятствием для развития стратегического партнерства России и ЕС. В ходе итоговой пресс-конференции, прошедшей после саммита, особый интерес журналистов вызвало отношение Путина к так называемым «маршам несогласных» — публичным акциям оппозиции, получившим распространение в России. Президент заявил, что лично ему эти марши не мешают, но они должны проводиться в установленном законом и требованиями местных властей порядке и не мешать гражданам, которые в них не участвуют. Главными организаторами «маршей несогласных» (первый из них состоялся в Москве 16 декабря 2006 года) выступали экс-премьер и глава Народно-демократического союза Михаил Касьянов, лидер национал-большевиков Эдуард Лимонов и шахматист, глава Объединённого гражданского фронта Гарри Каспаров. Марши, призванные объединить оппозиционные силы различного толка под лозунгами противостояния власти Путина, организовывались в разных городах России. В некоторых случаях демонстранты «маршировали» без санкции властей и сталкивались с жёстким противодействием милиции.
На фоне стабилизации в 2008 году закончился второй срок президента .В.В. Путина – последним, как считали оптимисты, третий, как тревожились либералы. И действительно, в ходе президентских выборов новым главой государства стал Д.А. Медведев. Нарушения В.В. Путиным российской Конституции не произошло. Президент предпочел пропустить один выборный срок и снова вернуться к власти, как законный кандидат. Но это в свою очередь предполагало некую проблему.