Дополнительный набор пигментов позволяет водорослям жить на глубоководье — красно-коричневые пигменты способны использовать энергию сине-зеленых лучей, пропускаемых водой до больших глубин (красно-оранжевые лучи она поглощает). В хроматофорах всех водорослей имеются пиреноиды — специализированные их участки, где происходит активный синтез крахмала. Синтезированный крахмал может откладываться вокруг пиреноидов в виде глобул. Полагают, что возникновение пиреноидов у водорослей привело к возникновению специализированных пластид (хлоро-, хромо- и лейкопластов) у высших растений. Жгутик представляет собой выпячивание плазмалеммы, заполненное матриксом с пучками микротрубочек. Число жгутиков у разных подвижных водорослей может варьироваться от одного до многих; преобладают двужгутиковые формы. Запасные вещества в клетках водорослей представлены полисахаридами: крахмалом, багрянковым крахмалом, ламинарином и маслами. Набор запасных веществ специфичен для каждого отдела. У зеленых водорослей э