Василий начал свое царство с перезахоронений: Годуновы – Борис, Федор и вся царская семья – упокоились с почетом в Троице‑Сергиевой лавре. За гробами везли в закрытой карете Ксению, горько оплакивавшую свою семью и проклинавшую «расстригу». Ей предстояло еще многое пережить, увидеть избрание Романовых – начало новой династии – и умереть монахиней в 1622 году.
Игнатий, возведенный при «расстриге» в высший церковный сан, был сведен с престола, объявлен лжепатриархом и заключен в Чудовом монастыре. Имя его навсегда вычеркнули из списка патриархов. Просили вновь принять сан низложенного Иова, но он отказался, ибо ослеп. Патриархом был избран Гермоген, не побоявшийся в дни «Дмитрия» прилюдно возвысить свой голос против брака православного царя с католичкой.
Чтобы до конца покончить с «тенью», порожденной им самим и боярами, Василий решил перенести в Москву останки царевича Дмитрия. В Угличе в дни царствования воскресшего «Дмитрия» могила убиенного содержалась в небрежении. Иереи не смели служить над ней, ибо это значило уличать царя в обмане…
Вскоре были разосланы грамоты, где описывались вскрытие могилы царевича и явленное при этом чудо: на теле не увидели и следа разложения, хотя прошло уже пятнадцать лет. Мальчик лежал в жемчужном ожерелье на разрезанной шее, в одежде, шитой золотом и серебром. И горсть орехов была у него в руке – так же, как в день убийства. С орехами и положили его тогда в гроб…
Из Углича обретенные мощи были отправлены в Москву, в Архангельский собор. Инокиня Марфа, «обливаясь слезами, молила царя и духовенство простить ей грех согласия с Лжедмитрием», отмечал летописец. И народ «рыдал, исполненный умиления».
Впрочем, и многие бояре, присутствовавшие в соборе, должны были каяться вместе с Марфой. И прежде всего – сам царь Василий, который нес раку с мощами, желая этим усердием заставить забыть свою прошлую клевету о «царевиче, убившем самого себя».