Наиболее сильным течением Южного моря является Южно-экваториальное течение, направляющееся с востока на запад; несмотря на своё название, оно достигает наибольшей скорости на север от экватора, между 0° и 3° с. ш., причём оно заходит к северу за экватор во все времена года. Это течение сильнее Северо-экваториального течения даже в периоды своего наибольшего ослабления. В этом отношении существует замечательное сходство между Тихим и Атлантическим океанами, несмотря на значительные различия в их географическом характере, причём Панамский залив соответствует Гвинейскому заливу. Южно-экваториальное течение Тихого океана в области своего зарождения, в районе островов Галапагос, появляется в виде многочисленных тёплых струй (25—28°), перемещающихся с менее нагретыми струями, особенно в ноябре (18—20°); это позволяет связать возникновение Южно-экваториального течения с течением Гумбольдта (§ 43). Во все времена года скорость Южно-экваториального течения у берегов островов Галапагос превосходит 2(\ миль в сутки. При этим, как отметил О. Крюммель, она часто достигает 80—100 миль без какого бы то ни было стеснения течения прилегающими землями, что могло бы объяснить такое увеличение скорости. Струи холодных вод возникают здесь не только от притока со стороны; в районе островов Галапагос, т. е. у самого экватора, они образуются в результате поднятия глубинных вод; Дарвин с удивлением констатировал в октябре на запад от д’Альбемарли температуру всего в 14°,7; эта холодная вода тёмнозелёного оттенка, выделяющегося на тёмноголубом фоне тёплых вод.