Компания Oxford Nanopore Technologies запустила новый сервис под названием Protocol Builder. Это онлайн-сервис, доступный всем пользователям нанопоровых секвенаторов, зарегистрированных в Nanopore Community.
Protocol Builder позволяет исследователю полностью выстроить весь эксперимент по нанопоровому секвенированию – от выделения нуклеиновой кислоты до обработки результатов секвенирования.
Процесс онлайн-планирования эксперимента состоит из нескольких этапов:
- выбор задачи эксперимента
- выбор генетического материала
- выбор методики выделения нуклеиновой кислоты
- выбор методики подготовки библиотеки
- выбор методики анализа данных
На каждом этапе возможен выбор уточняющих параметров эксперимента. Например, если поставлена задача по сборке генома – возможны варианты сборки de novo или метагеномной сборки, если предполагается SNP-анализ – то есть возможность выбора таргетного, экзомного или полногеномного секвенирования и т.д.
Затем пользователь выбирает модель секвенатора (MinION, GridION, PromethION), протокол подготовки библиотеки и тип биологического образца (бактерии, животные или растительные ткани, кровь и т.д.) После этого будет предложен один или несколько вариантов наборов для выделения нуклеиновой кислоты. Исследователь может воспользоваться любым набором, но Oxford Nanopore Technologies рекомендует наборы от Qiagen, которые были протестированы в лаборатории ONT и признаны оптимальными в отношении производительности секвенирования.
Более подробную информацию вы можете прочитать здесь
