В 3 части, события которой начинаются сразу же после конца Assassin's Creed Revelations, Дезмонд со своим отцом Уильямом, и другими участниками братства Шоном м Ребеккой находят храм предтеч, с помощью яблока которое они нашли. Открыв двери храма с помощью того же артефакта, они вошли в древний храм предтеч. И нашли там оборудование предтеч и дверь с таймером указанным на дату 21.12.12 г. Для того что бы открыть дверь им понадобится 4 источника энергии которые были оставлены теми "кто пришел раньше" и ключ. Войдя в зал храма они нашли один из источников энергии к которому они и подключили анимус. Когда они пошли к двери Дезмонд потерял сознание, и что бы вернуть его в чувства, его подключают к анимусу.
Где и начинается поиск ключа. Но уже другими предками, Хэйтемом Кенуэем который как оказалось был Магистром ордена тамплиеров и его сыном Коннором. Действия данной части переносят нас в 1754 г. где мы, будем играть за 2 персонажей игры, Хэйттема и Коннора. Они будут противостоять друг д