14 ноября 1888 года был торжественно открыт Институт Пастера, построенный и оснащенный на средства, собранные по международной подписке.
Первым директором института был назначен основоположник микробиологии Луи Пастер (1822–1895), для успешной работы которого, собственно, и создавалось это научное учреждение.
С 1908 года восемь учёных института стали лауреатами Нобелевской премии в области медицины и физиологии, один из которых – русский ученый Илья Ильич Мечников, удостоенный этой почетной награды в 1908 году.