Отряд был создан 25 ноября 1988 года — одним из первых в стране, на базе отдельного оперативного полка милиции ГУВД Леноблгорисполкомов, который в течение предыдущих 40 лет успешно выполнял задачи по обеспечению правопорядка при проведении общегородских мероприятий, участвовал в охране правительственных учреждений и патрулировании улиц Ленинграда. В задачи ОМОН (он тогда назывался "отряд милиции особого назначения"), вошло проведение мероприятий по блокированию и задержанию преступников, в том числе членов бандформирований и террористов, освобождение заложников, обнаружение и обезвреживание взрывоопасных предметов.
Сотрудникам петербургского ОМОН приходилось выполнять задачи в различных регионах страны – нередко в условиях чрезвычайного положения, во время вооруженных конфликтов, в ходе контртеррористических операций в Северо-Кавказском регионе.
Более 600 сотрудников отряда за проявленные мужество и героизм были награждены государственными наградами, в том числе посмертно.
В 2021 году личный состав петербургского ОМОН принял участие в охране общественного порядка и обеспечении общественной безопасности при проведении около 800 массовых мероприятий, в том числе международных: Петербургского экономического форума, праздника выпускников «Алые паруса», Главного военно-морского парада, Чемпионата Европы по футболу UEFA EURO-2020 и других спортивных соревнований различного уровня, и т.д. Проведено более 300 спецопераций. Группами разминирования ОМОН отработано более 400 заявок на обследование подозрительных и взрывоопасных предметов.
Отряд мобильный особого назначения Главного управления Росгвардии по г.Санкт-Петербургу и Ленинградской области сегодня является высокопрофессиональным подразделением, личный состав которого находится в постоянной боевой готовности и способен выполнить задачи по поддержанию правопорядка любой степени сложности.