Казачья слобода по сути являлась предшественником стрелецкого заселения Замоскворечья в XVII веке. Активное освоение Замоскворечья началось только после Смуты в начале XVII века. БольшаяПолянка и Казачья слобода с храмом Успения Пресвятой Богородицы находились тогда на окраине Москвы. Полноправной частью города эта территория стала в конце XVI века, когда здесь соорудили деревянные стены Скородома, линии укреплений, замененной впоследствии Земляным валом.Здесь же и построили новую церковь Флора и Лавра, сгоревшую в XVIII веке, а на ее месте возвели уже каменный храм, который и сегодня можно видеть на Дубининской улице.
Первое упоминание о церкви в летописях относится к 1642 году. Как мы уже упоминали на месте нынешней церкви в Замоскворечье стоял храм мучеников Флора и Лавра, поскольку эта территория была заселена ямщиками, обслуживавшими тракт между Москвой и Коломной. Как известно, именно Флор же и Лавр считались на Руси покровителями лошадей, и в ямских слободах часто строились церкви в честь этих святых.
После сооружения каменного храма Успения Пресвятой Богородицы, его прихожанамибыли в основном донские казаки, которых поселил на этих землях царь Михаил Федорович в благодарность за помощь в сражениях с польско-литовскими захватчиками. Эксперты считают, что первоначально церковь была декорирована изразцами с фигурами евангелистов работы лучшего мастера изразцового искусства XVII века Степана Иванова по прозвищу Полубес.Архитектура храма была характерна для московского барокко восьмерик на четверике.
В 1795–1797 годах на средства вдовы генерал-майора Пелагеи Ивановны Позняковой были построены новая трапезная и двухъярусная стройная колокольня, на изгибе Большой Полянки стала главной вертикалью городского ансамбля в этой части Замоскворечья.
При нашествии Наполеона в 1812 году церковь была разграблена и существенно повреждена, сгорело все внутреннее убранство, после чего в течение пяти лет в Успенской церкви не совершались богослужения. Восстановили храм лишь в 1818 году благодаря стараниям церковногостаросты Никиты Карпышева. В 1922 году храм был закрыт, а в нем разместили архив и типографию. В 1980-1990 годах была выполнена реставрация храма, а в конце 1990 года церковь была возвращена РПЦ.