В момент Второй Мировой войны, Еврейская община Кёнигсберга составляла около 3000 человек и 5 синагог в городе. Хрустальная ночь с 9 на 10 ноября 1938 года, принесла нацистами пожары и разгромы имущества, что принадлежало евреям. В эту ночь сгорела, а после взорвана, Новая либеральная Синагога Кёнигсберга.
В последствии на месте Синагоги построили одноэтажные здания, похожие на трудовые лагеря.
В 2018 году на места разрушенной синагоги, напротив острова Иммануила Канта, возвели Новую Синагогу. Внешний облик немного отличается от прежнего, она меньше размером и ниже. По словам архитектора, цель стояла возродить синагогу на историческом месте, а не повторить один к одному.
Первые евреи в городе Кёнигсберг появились в 40-х годах шестнадцатого века, дата отсчитывается от времени официального прибытия в город врачей Исаака Мая и Михеля Абрахама, приглашенных магистром Альбрехтом Гогенцоллерном.
Помимо врачей, в город приезжали евреи-торговцы, и долгое время между ними существовала разница в отношении. В 1567 году сословия Пруссии пытались выгнать торговцев из государства, но под давлением разрешение на пребывание в Пруссии было получено.
Прибывшие еврейские беженцы из Вены, приглашенные Фридрихом Вильгельмом I, жили на окраине и в жизнь города не вмешивались. С начала постройки первой синагоги Кёнигсберга в 1680 году, к моменту строительства Новой либеральной Синагоги Кёнигсберга в 1894 году, их было уже несколько.
В 1904 году рядом с синагогой построили еврейский сиротский приют. Это здание сохранилось, хоть и потерпело видоизменение. Сейчас это жилой дом, Еврейская община хотела выкупить здание, что бы открыть музей. Это сделать не получилось. Восстановленное здание после войны, до сих пор оставалось без ремонта, с довоенное проводкой электричества.
На фоне этого безразличия к истории, немногочисленная Еврейская община Калининграда самостоятельно позаботилась о своем историческом наследии, отстроив Новую Синагогу. Которая открывает свои двери всем, приглашая познакомится с культурой и религией.
В здании работает кошерная столовая, проводятся выставки и экскурсии для всех желающих.