Хвойные деревья многочисленны на севере и восточной периферии Хоккайдо до высоты 2 300 футов. Сахалинские ели, сахалинские пихты, голубые ели и ели Езо смешиваются с лиственными деревьями, такими как березы, дубы и клены, и густым подлеском из мхов и лишайников. Хвойные деревья смешиваются с лиственной растительностью на юго-западе Хоккайдо и встречаются в более высокой части центральной части Хонсю и Сикоку. Мелкие кустарники, ползучие сосны и альпийские растения растут в высокогорных узлах центрального Хонсю на высоте более 8 000 футов (2 400 метров). Эта зона постепенно понижается к северу до гор Хаккода на севере Хонсю на высоте 4 600 футов (1 400 метров) и до гор Дайсэцу в центральной части Хоккайдо на высоте около 3 600 футов (1 100 метров). Вишневое дерево (сакура), которое славится своим весенним цветением и давно является одним из символов Японии, посажено по всей стране. Культивируется множество сортов, а в горах встречаются и естественные насаждения.