В Центральном регионе центральной и западной части Хонсю доминирует объединение Северо-Восточной, Юго-Западной и Шичито-Мариана горных дуг в районе горы Фудзи. Направления гор, низменностей и вулканических зон пересекают остров почти под прямым углом. Наиболее заметной физической особенностью является Фосса Магна, большая рифтовая низменность, которая пересекает самую широкую часть Хонсю от Японского моря до Тихого океана. Она частично занята горами и вулканами южной части Восточно-Японского вулканического пояса. Межгорные бассейны находятся между высокими, частично оледеневшими центральными горными узлами хребтов Акаиси, Кисо и Хида (которые вместе образуют Японские Альпы) на западе и хребтом Канто на востоке. Неглубокая структурная котловина равнины Канто, простирающаяся к востоку от хребта Канто, является самой обширной низменностью Японии; огромный мегаполис Токио простирается из ее центра, занимая огромную площадь равнины. Юго-западный регион, включающий западную часть Хонсю (Чугоку), а также Сикоку и северную часть Кюсю, в целом совпадает с юго-западной горной дугой, а общая тенденция нагорья и низменности примерно выпуклая в сторону Японского моря. Регион делится на Внутреннюю зону, сформированную сложными разломами, и Внешнюю зону, сформированную деформациями. Внутренняя зона состоит в основном из древних гранитов, пород палеозойского возраста (от 250 до 540 миллионов лет) и геологически более поздних вулканических пород, которые расположены в сложном сочленении. Внешняя зона, состоящая из горных групп Акаиси, Кии, Сикоку и Кюсю, напротив, характеризуется регулярным зональным расположением с севера на юг кристаллических сланцев и палеозойских, мезозойских (возрастом от 65 до 250 миллионов лет) и кайнозойских (сформировавшихся в течение последних 65 миллионов лет) образований. Выдающиеся особенности поверхности Внутренней зоны (с центром на хребте Чугоку) представляют собой очень сложную мозаику многочисленных блоков разломов, в то время как поверхность Внешней зоны непрерывна, за исключением тех мест, где морские проливы разделяют их на четыре независимые группы. Внутреннее море (Сето-найкай) - это регион, где большая депрессия привела к вторжению морских вод. Северный край Внутренней зоны усеян гигантскими лавовыми куполами, образованными горой Дай, которые вместе с вулканической горой Асо похоронили значительную часть западного продолжения Внутреннего моря в центральной части Кюсю.