Однако после битвы шторм помешал афинским военачальникам остаться, чтобы забрать погибших с двадцати пяти потерянных кораблей. Демократическая ассамблея в ответ обвинила генералов в нечестии и казнила их. Эта процедура была совершенно неконституционной, как пытался указать философ Сократ, который оказался одним из тех, кто председательствовал на заседании Ассамблеи в тот день: афиняне не могли быть приговорены к смертной казни Собранием, а только судом.
Казнь генералов, один из которых на самом деле был сыном великий полководец Перикл имел катастрофические последствия для военных перспектив Афин, которые и без того были сомнительными после отставки Алкивиада. Афины просто не обладали достаточной глубиной стратегического таланта, чтобы позволить себе потерять этих людей.
Спартанский полководец Лисандр воспользовался провалом афинской стратегии в Геллеспонте, чтобы застать афинский флот врасплох и уничтожить его в битве при Эгоспотами в 405 году.
Только двадцати из 180 афинских кораблей удалось спастись, и многие из них бежали на Кипр. С потерей своего флота и трех-четырех тысяч человек, Афины были беззащитны. Но Лисандр не сразу двинулся с места, чтобы потребовать капитуляции Афин. Вместо этого он двинулся через Эгейское море, заменив демократические правительства, лояльные Афинам, олигархическими правительствами, лояльными ему и Спарте, и вынудив афинян, которые жили в различных полисах и рядом с ними в качестве клеруков, вернуться в Афины. Из-за того, что поставки зерна были прерваны спартанским эмбарго, вновь прибывшие просто усугубили голод в Афинах.