Храм святого мученика и чудотворца Трифона, в Напрудном - один из самых древнейших в Москве. Его постройку относят к 1492 году. Народное предание гласит, что храм был построен на месте чуда - явления святого мученика Трифона у большого пруда близ села Напрудное.
Храм святого мученика Трифона — одноглавый бесстолпный одноапсидный центрический храм, перекрытый крещатым сводом. Материал постройки стен — гладкотесаный белый камень, свод и барабан выполнены из маломерного кирпича.
В начале XIX века к западу от церкви Трифона были возведены колокольня и трапезная, в 1825 году к церкви был пристроен южный Никольский придел, в 1861 году — северный Филаретовский придел, в 1889-1895 годах с запада была пристроена ещё одна колокольня, а на месте старой трапезной по проекту архитектора Г. А. Кайзера была возведена новая трапезная-храм с куполом и двумя приделами (также Никольским и Филаретовским).
В 1812 митрополит Черногории передал царю Александру I часть мощей Святого Трифона, которые были помещены в храмовую икону церкви Трифона в Напрудном (ныне она находится в Знаменской церкви в Переяславской слободе).
В 1911 году по проекту выдающегося московского архитектора Ф. О. Шехтеля были сооружены царские врата иконостаса церкви. До наших дней не сохранились.
В феврале 1925 года, незадолго до своей кончины, Литургию в храме служил Святейший Патриарх Тихон.
Храм был закрыт в начале 1930‑х годов, взорван в 1932 году. Сохранилась только наиболее древняя часть храма, относящаяся в концу XV века. Фреска со стены поступила в 1934 году в Третьяковскую галерею. Чудотворный образ мученика Трифона был перенесен в Знаменский храм. И народная молва сразу же переименовала Знаменский храм в Трифоновский. В Знаменский храм был перенесен и храмовой образ Филарета Милостивого.