Методологическую основу диссертационного исследования составили системный подход, позволяющий выявить связи и отношения элементов биоэтики как целостной системы; социокультурный подход, используемый для рассмотрения биоэтики в России в единстве ее социальных и культурных аспектов; понимающе-интерпретационный подход к анализу исторических текстов с учетом не только исторического контекста, но и современных реалий.
Необходимость рассмотрения проблем биоэтики, как с точки зрения классической науки, так и в контексте постнеклассического периода, связана с особенностями эволюции самого предмета биоэтики.
Цели и задачи исследования определили необходимость обращения к фундаментальным философским принципам всеобщей связи и развития, историзма, системности и целостности; использования общенаучных методов анализа и синтеза, индукции и дедукции, исторического и логического, аналогии, сравнения, объяснения и др. В диссертации также использованы биографический метод, метод абстракции, метод сравнительного анализа.