За 2 часа до инцидента в особняке Озвелла Спенсера.
Бойцы отряда "Браво" из спецподразделения "S.T.A.R.S." направлялись к месту, с которого поступил сигнал бедствия. Командование решило расследовать загадочные случаи с многочисленными человеческими жертвами и исчезновениями, поручив задание опытным оперативникам. Однако перед прибытием на место вертолет оперативной группы терпит крушение, в котором выживают далеко не все.
Ребекке Чемберс повезло, она пережила аварию и не получила каких-либо серьезных травм. Очнувшись, девушка приступила к анализу происходящего в округе и наткнулась на перевернутый автомобиль военной полиции. В нем, согласно обнаруженным на месте документам, перевозили опасного преступника Билли Коэна, которого приговорили к смертной казни за совершенные им злодеяния.
Второй неожиданной находкой Ребекки оказался остановившийся посреди леса поезд "Эклиптик Экспресс", все пассажиры которого по непонятной причине превратились в безмозглых монстров. Чемберс, несмотря на всю свою подготовку, не ожидала встретить таких кошмарных тварей, а потому она решает не сражаться, а бегать от тянущих к ней руки хищников.
В одном из вагонов Ребекка встречает того самого Билли Коэна, которого сначала угрожает арестовать. Правда, Коэна это не особо пугает, он просто сообщает девушке о своем отказе подчиняться приказам, и пусть она делает что угодно, но он продолжит делать то, что умеет делать лучше всего - выживать.
Немного подумав, Ребекка решает воспользоваться предложением Билли, решившим справляться с опасностью вместе. Компенсируя недостатки друг друга, герои исследуют поезд и прилегающие к нему территории, пытаясь понять, что здесь произошло. Однако неожиданно вагоны начинают движение, и теперь в списке первоочередных задач Ребекки и Билли появилось путешествие в рубку машиниста.
К тому времени, когда напарники добрались в головной вагон, поезд набрал серьезную скорость. Транспортник мог легко сойти с рельс, но героям удается нажать рычаг экстренного торможения, что сглаживает остановку, хоть вагоны и переворачиваются.
Выбравшись из поезда, Ребекка и Билли оказываются в странном доме, выполненном в этаком готическом стиле. На полу главного зала гости обнаруживают огромный символ в виде зонтика, что явно дает нам понять, что поместье является одним из активов "Амбреллы". А там, где есть "Амбрелла", обязательно будет и тайна, связанная с биологическими экспериментами.
Со временем Ребекка узнает, что поместье принадлежит Джеймсу Маркусу - одному из основателей "Амбреллы". Используя свои знания, Маркус пытается усовершенствовать вирус "Предок", из которого потом были выведены Т- и G-вирусы. Таким образом он пытается защитить свои активы в корпорации после смерти Эдварда Эшворда, так как Озвелл Спенсер весьма активно и, даже, агрессивно поглощал предприятия и лаборатории, принадлежавшие покойному партнеру.
К сожалению, Джеймсу Маркусу не удалось перехитрить Спенсера. Он отправил двух своих шпионов, Уильяма Биркина и Альберта Вескера, дабы те ликвидировали ученого и забрали все его наработки. Конечно, Вескер справился - он застрелил исследователя и сбросил его погибающее тело в какую-то канаву, где он должен был окончательно разложиться на молекулы.
Находясь между жизнью и смертью, Джеймс мечтал об одном - получить силу, которая позволит ему отомстить обидчикам. И вскоре он ее получит вместе с порцией Т-вируса, который превратит Маркуса в кошмарное чудовище.